- Жадный матроидный алгоритм и вычислительная постоянная гомология (arXiv)
Автор: Тяньи Сан, Брэдли Нельсон
Аннотация: Важной проблемой вычислительной топологии является вычисление гомологии пространства по выборкам. В этой работе мы развиваем статистический подход к этой проблеме, вычисляя ожидаемый ранг индуцированного отображения гомологии от подвыборки до всего пространства. Разрабатывается жадный матроидный алгоритм поиска оптимального базиса изображения индуцированного отображения и исследуется связь этого алгоритма с вероятностью выборки векторов в изображении индуцированного отображения.
2. Анализ стойкой гомологии полногеномных исследований ассоциаций диабета 2 типа в сетях белок-белковых взаимодействий (arXiv).
Автор: Песня Ыйджун
Аннотация: Полногеномные исследования ассоциаций (GWAS) с увеличением размера выборки выявили сотни генетических вариантов, связанных со сложными заболеваниями, такими как диабет 2 типа (СД2); однако неясно, как попадания GWAS формируют уникальные топологические структуры в сетях белок-белкового взаимодействия (PPI). Используя постоянную гомологию, мы исследуем эволюцию и устойчивость топологических особенностей попаданий T2D GWAS в сети PPI с увеличением пороговых значений P-значения. Самый крупный связный компонент попаданий T2D GWAS значительно обнаруживается в сети PPI (196 узлов и 235 ребер, P‹0,05). В одномерном групповом анализе гомологии все 18 одномерных дыр (петлей) попаданий T2D GWAS сохраняются по всем пороговым значениям P-значения. Одномерный модуль персистирующего заболевания СД2 (59 узлов и 83 ребра), содержащий эти 18 постоянных одномерных дыр, значительно больше, чем ожидалось случайно (P‹0,001), что указывает на значительную топологическую структуру в сети PPI. Наша структура вычислительной топологии потенциально обладает широкой применимостью к другим сложным фенотипам при выявлении топологических особенностей, которые играют важную роль в патобиологии заболеваний.
