Я хочу запускать сценарии R и сохранять графики, используя png()
. X11 не поддерживается на серверах Unix, и я получаю следующее сообщение об ошибке:
Error in X11(paste("png::", filename, sep = ""), g$width, g$height, pointsize, :
unable to start device PNG
Calls: png
In addition: Warning message:
In png("test.png", width = 900, height = 400) :
unable to open connection to X11 display ''
Execution halted
Установка переменных окружения
Sys.setenv("DISPLAY"=":0.0")
or
Sys.setenv("DISPLAY"=":0")
в сценариях R не решили проблему.
Этот пример кода приводит к указанной выше ошибке:
library(ggplot2)
library(grid)
# Some data
df = data.frame(x = c(1.2,5,3,5.3,2,9,4,6,8,0), y = c(1.5,6,2.5,5.1,2.3,8.7,4.1,6,8,0))
# Base plot
p <- ggplot(df, aes(x,y)) + geom_point() +
scale_x_continuous(limits = c(0, 8), expand = c(0,0)) +
scale_y_continuous(limits = c(0, 8), expand = c(0,0)) +
geom_smooth(method="lm", se=FALSE, formula=y~x, aes(colour="2"), show_guide=TRUE, fill=NA, size=1.2) +
geom_vline(xintercept = 3) + geom_vline(xintercept = 7) +
opts(plot.margin = unit(c(1,1,4,1), "lines"))
# Create the text Grobs
Text1 = textGrob("Part 1")
Text2 = textGrob("Part 2")
Text3 = textGrob("Part 3")
# Add the annotations
# Segment 1
p1 = p +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 0, xmax = 0, ymin =
-1, ymax = -.75) +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 0, xmax = 3, ymin =
-1, ymax = -1) +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 3, xmax = 3, ymin =
-1, ymax = -.75) +
annotation_custom(grob = Text1, xmin = 0, xmax = 3, ymin = -1.25,
ymax = -1.25)
# Segment 2
p1 = p1 +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 3, xmax = 7, ymin =
-1, ymax = -1) +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 7, xmax = 7, ymin =
-1, ymax = -.75) +
annotation_custom(grob = Text2, xmin = 3, xmax = 7, ymin = -1.25,
ymax = -1.25)
# Segment 3
p1 = p1 +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 7, xmax = 8, ymin =
-1, ymax = -1) +
annotation_custom(grob = linesGrob(), xmin = 8, xmax = 8, ymin =
-1, ymax = -.75) +
annotation_custom(grob = Text3, xmin = 7, xmax = 8, ymin = -1.25,
ymax = -1.25)
png("test.png", width=900, height=400)
# Code to override clipping
gt <- ggplot_gtable(ggplot_build(p1))
gt$layout$clip[gt$layout$name=="panel"] <- "off"
grid.draw(gt)
dev.off()
Результат capabilities()
:
jpeg png tiff tcltk X11 aqua http/ftp sockets
FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE
libxml fifo cledit iconv NLS profmem cairo
TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE FALSE
Я запускаю сценарии через двигатель солнечной сетки.
capabilities()
на сервере. IIRC у вас может быть виртуальный фреймбуфер X вместо X, который позволит этому работать, но это предполагает, что пакет/программное обеспечение виртуального фреймбуфера X установлено на сервере (в Linux, Fedora я могу установить xorg-x11-server-Xvfb для этой цели). Если это не удается, найдите графическое устройство, поддерживаемое вашим сервером, нарисуйте его и извлеките файл, а затем преобразуйте его в PNG в вашей локальной системе. - person Gavin Simpson   schedule 25.10.2012ssh
есть возможность включить или отключить туннелирование X11. - person Ari B. Friedman   schedule 25.10.2012