ошибка в dyn.load в пакете Rcpp в Mac

У меня проблема с загрузкой скомпилированного объекта Rcpp скомпилированного объекта. Я компилирую пакет RcppSMC из исходников. я

Error in dyn.load("mylib.so") : 
  unable to load shared object '/Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so': 
  dlopen(/Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so, 6): Symbol not found: __ZNSoD0Ev
  Referenced from: /Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so
  Expected in: flat namespace
 in /Users/avi/softwares/RcppSMC/src/mylib.so

Я использую clang для компиляции со следующей версией. Я думаю, что есть некоторая проблема с компиляцией, потому что, если я загружаю двоичный файл mac os из CRAN, dyn.load работает.

Apple LLVM version 5.0 (clang-500.2.79) (based on LLVM 3.3svn)
Target: x86_64-apple-darwin13.0.0 

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I../inst/include -I/usr/local/include -I"/Users/avi/Library/R/3.0/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O3 -pipe -std=c++0x -Wall -pedantic -c blockpfgaussianopt.cpp -o blockpfgaussianopt.o
  .....
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib -o mylib.so blockpfgaussianopt.o history.o pflineart.o pfnonlinbs.o smc-exception.o /Users/avi/Library/R/3.0/library/Rcpp/lib/libRcpp.a -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

установка в /Users/avi/Library/R/3.0/library/RcppSMC/libs

Это странная проблема, потому что sourceCpp работает на машине.


macos r clang installation rcpp
person vinash85    schedule 13.12.2013    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
5
arrow_downward

Если вы пытаетесь установить пакет, который ссылается на Rcpp из исходного кода, вам, вероятно, также потребуется установить Rcpp из исходного кода.

Предполагая, что вы используете OS X Mavericks, в StackOverflow были похожие сообщения с похожими проблемами.

person Kevin Ushey    schedule 13.12.2013
comment
Спасибо, Кевин. Это было глупо с моей стороны. Я читал о том, что компиляция Rcpp должна быть установлена ​​из исходного кода. Но проигнорировал это, думая, что это рекомендуется и не нужно. Он определенно работает гладко при установке из исходного кода. - person vinash85; 13.12.2013
comment
Без проблем. Это только недавно стало необходимо для пользователей Mac OSX Mavericks из-за совместимости ABI между старыми (и используемыми CRAN) компиляторами и более новыми компиляторами clang. Надеемся, что проблемы будут решены в R 3.1.0. - person Kevin Ushey; 13.12.2013

arrow_upward
1
arrow_downward

У моего коллеги такая же проблема.

Мы перепробовали все возможные решения, которые нашли в Интернете.

В итоге мы приходим к выводу, что именно новая версия Mac (Mojave) вызвала такие проблемы.

Он понизил версию до Sierra и переустановил все. Это решило его проблему.

person F. Privé    schedule 27.03.2019
comment
У меня была такая же проблема, и ваше решение было тем, что я сделал, чтобы заставить его работать. Спасибо за публикацию, поскольку я изначально думал, что есть обходной путь с определенной версией MacOS, который я не обнаружил. - person Joseph Wood; 27.03.2019
comment
Возможно, есть какой-то обходной путь, но мы его не нашли :/ - person F. Privé; 27.03.2019