Проблемы с выводом CCA

Так что помощь будет очень признательна!

Я уже завершил график CCA, на котором показаны 7 участков, около 15 видов и 6 переменных окружающей среды. Однако в нем говорится, что неограниченная ось равна 0, и я не могу выполнить ANOVA по своим результатам CCA, чтобы увидеть, каково значение осей. Я также попытался использовать функцию spenvcor, чтобы увидеть корреляцию между окружающей средой и видами, и она дает мне 1 для всех осей.

Так что я определенно делаю что-то не так, но я просто не могу понять, что. Вот мой код:

MayEnviro <- read.csv("MayEnviro.csv", header=TRUE)
MaySpecies <- read.csv("MaySpecies.csv", header=TRUE)
t <- cca(MaySpecies,
         MayEnviro[, c("AFDM","Chla","Chloride","TSS","TN","TP","Velocity")])
spenvcor(t)

r vegan
person user3434003    schedule 18.03.2014    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Количество осей, которые вы можете получить из набора данных с n = 7 участками, m = 15 видов, равно min(n, m) - 1, что равно 6. Поскольку у вас также есть 6 ограничений ( переменные среды) вы точно объясняете данные, и нет никакой остаточной дисперсии для работы. На самом деле ограничений на решение нет, и результат такой же, как и в CA.

В этом случае, с таким небольшим количеством сайтов, вам следует искать модель с меньшим количеством ограничений, скажем, максимум 2 или 3.

person Gavin Simpson    schedule 18.03.2014