Вертикальная линия в конце гистограммы CDF с использованием matplotlib

Я пытаюсь создать CDF, но в конце графика есть вертикальная линия, показанная ниже:

сюжет

Я читал, что это потому, что matplotlib использует конец ячеек для рисования вертикальных линий, что имеет смысл, поэтому я добавил в свой код как:

bins = sorted(X) + [np.inf]

где X - это набор данных, который я использую, и установите размер ячейки при построении графика:

plt.hist(X, bins = bins, cumulative = True, histtype = 'step', color = 'b')

Это удаляет линию в конце и дает желаемый эффект, однако, когда я нормализую этот график, теперь возникает ошибка:

ymin = max(ymin*0.9, minimum) if not input_empty else minimum

UnboundLocalError: local variable 'ymin' referenced before assignment

Есть ли способ нормализовать данные с помощью

bins = sorted(X) + [np.inf]

в моем коде или есть другой способ убрать линию на графике?


python pandas matplotlib
person Sam Billington    schedule 27.09.2016    source источник
comment
Не уверен, почему за это проголосовали. Это артефакт того, как работает hist + step. Возможно, вам будет лучше вычислить кумулятивную гистограмму, а затем использовать ax.step.   -  person tacaswell    schedule 27.09.2016
comment
Вы хотите CDF или гистограмму? Если это CDF, то какой?   -  person Stop harming Monica    schedule 27.09.2016

Ответы (3)


arrow_upward
11
arrow_downward

Альтернативный способ построения CDF может быть следующим (в моем примере X — это набор выборок, взятых из единичной нормали):

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

X = np.random.randn(10000)
n = np.arange(1,len(X)+1) / np.float(len(X))
Xs = np.sort(X)
fig, ax = plt.subplots()
ax.step(Xs,n)

введите описание изображения здесь

person Angus Williams    schedule 27.09.2016
comment
Это блестящая и красивая альтернатива! - person merlin2011; 18.01.2017
comment
Проблема заключается в том, что график будет линейно интерполирован между точками, но настоящая кумулятивная функция должна иметь эти скачки. - person RomaValcer; 05.03.2017
comment
Да, это, вероятно, справедливое замечание, хотя для больших выборок данных это не будет иметь большого значения. Тем не менее, я обновил свой ответ, чтобы вместо него использовать plt.step. Спасибо! - person Angus Williams; 13.03.2017

arrow_upward
7
arrow_downward

Мне нужно было решение, в котором мне не нужно было бы изменять остальную часть моего кода (используя plt.hist(...) или, с пандами, dataframe.plot.hist(...)) и которое я мог бы легко повторно использовать много раз в одном блокноте jupyter.

Теперь я использую эту маленькую вспомогательную функцию для этого:

def fix_hist_step_vertical_line_at_end(ax):
    axpolygons = [poly for poly in ax.get_children() if isinstance(poly, mpl.patches.Polygon)]
    for poly in axpolygons:
        poly.set_xy(poly.get_xy()[:-1])

Что можно использовать так (без панд):

import numpy as np
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt

X = np.sort(np.random.randn(1000))

fig, ax = plt.subplots()
plt.hist(X, bins=100, cumulative=True, density=True, histtype='step')

fix_hist_step_vertical_line_at_end(ax)

Или вот так (с пандами):

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib as mpl
import matplotlib.pyplot as plt

df = pd.DataFrame(np.random.randn(1000))

fig, ax = plt.subplots()
ax = df.plot.hist(ax=ax, bins=100, cumulative=True, density=True, histtype='step', legend=False)

fix_hist_step_vertical_line_at_end(ax)

результат

Это хорошо работает, даже если у вас есть несколько гистограмм кумулятивной плотности на одних и тех же осях.

Предупреждение: это может не привести к желаемому результату, если ваши оси содержат другие исправления, подпадающие под категорию mpl.patches.Polygon. Это был не мой случай, поэтому я предпочитаю использовать эту маленькую вспомогательную функцию на своих графиках.

person Zertrin    schedule 22.10.2018
comment
Спасибо! Это сработало для меня. У меня есть дополнительный CDF, поэтому мне просто нужно изменить poly.set_xy(poly.get_xy()[:-1]) на poly.set_xy(poly.get_xy()[1:]) - person Jonathan Ellithorpe; 30.08.2019

arrow_upward
0
arrow_downward

Предполагая, что ваши намерения чисто эстетические, добавьте вертикальную линию того же цвета, что и фон вашего графика:

ax.axvline(x = value, color = 'white', linewidth = 2)

Где значение обозначает правую крайность самой правой корзины.

person rllb    schedule 12.04.2020