Приведенная ниже команда помогла мне усечь весь mssql и повторно проиндексировать его.
Будьте осторожны и сделайте резервную копию перед использованием этой команды.

SET QUOTED_IDENTIFIER ON;
EXEC sp_MSforeachtable 'SET QUOTED_IDENTIFIER ON; ALTER TABLE ? NOCHECK CONSTRAINT ALL'  
EXEC sp_MSforeachtable 'SET QUOTED_IDENTIFIER ON; ALTER TABLE ? DISABLE TRIGGER ALL'  
EXEC sp_MSforeachtable 'SET QUOTED_IDENTIFIER ON; DELETE FROM ?'  
EXEC sp_MSforeachtable 'SET QUOTED_IDENTIFIER ON; ALTER TABLE ? CHECK CONSTRAINT ALL'  
EXEC sp_MSforeachtable 'SET QUOTED_IDENTIFIER ON; ALTER TABLE ? ENABLE TRIGGER ALL' 
EXEC sp_MSforeachtable 'SET QUOTED_IDENTIFIER ON';
IF NOT EXISTS ( SELECT * FROM
 SYS.IDENTITY_COLUMNS
 JOIN SYS.TABLES ON
 SYS.IDENTITY_COLUMNS.Object_ID = SYS.TABLES.Object_ID
 WHERE
 SYS.TABLES.Object_ID = OBJECT_ID('?')
 AND SYS.IDENTITY_COLUMNS.Last_Value IS NULL 
) AND OBJECTPROPERTY( OBJECT_ID('?'), 'TableHasIdentity' ) = 1 
DBCC CHECKIDENT ('?', RESEED, 0) WITH NO_INFOMSGS;