На этой неделе я работал над разработкой инструмента, позволяющего Galaxy (инструментальной платформе биоинформатики) взаимодействовать с SegAnnDB. В этом посте я подробно расскажу, как именно я создал инструмент. Во-первых, вы устанавливаете Planemo, платформу разработки инструментов для галактики, с
pip install planemo
Затем для создания шаблона используйте
planemo tool_init --id 'seganndb' --name 'SegAnnDB'
Это создаст XML-файл с именем seganndb.xml. Затем я добавил детали, необходимые для завершения инструмента. Теперь инструмент стоит на
<tool id="seganndb" name="SegAnnDB" version="0.1.0">
<requirements>
</requirements>
<command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
wget -O - '$server'/export/None/'$profile_name'/segments/bedGraph/ > download.bedgraph;
sed '1d' download.bedgraph > trimmed.bedgraph;
sed 's/ \+/\t/g' trimmed.bedgraph > '$output'
]]></command>
<inputs>
<param name="server" label="Server" type="text" />
<param name="profile_name" label="Profile Name" type="text" />
</inputs>
<outputs>
<data format="bedgraph" name="output" />
</outputs>
<help><![CDATA[
TODO: Fill in help.
]]></help>
</tool>
Затем этот инструмент можно добавить в Galaxy, скопировав файл XML в каталог инструментов и добавив инструмент в tool_conf.xml. В эти выходные я продолжу работу над расширением этого инструмента для поддержки других форматов файлов, а также над вторым инструментом для одновременного копирования всех профилей.
