Поскольку данные продолжают влиять на принятие решений в различных секторах, эффективные инструменты визуализации данных становятся все более ценными. В области фармакологии эти инструменты особенно полезны для понимания сложных наборов данных и извлечения ценных идей. Одним из таких инструментов является пакет Tidy Life Formats (TLF), комплексная библиотека, разработанная Open-Systems-Pharmacology для создания стандартных и пользовательских графиков.

Краткий обзор TLF

TLF — это надежный инструмент, использующий язык программирования R, популярный среди статистиков и специалистов по данным. TLF выделяется своей гибкостью и простотой использования, что делает его предпочтительным выбором для визуализации данных в фармакологии и других научных дисциплинах.

Монтаж

Установка TLF — это простой процесс, а разрабатываемая версия TLF легко доступна на GitHub. Для установки используйте следующую команду:

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("Open-Systems-Pharmacology/TLF-Library")

Кроме того, TLF требует установки определенных пакетов. Некоторые из них можно установить из CRAN, включая ggplot2, jsonlite, patchwork и R6. Другие, такие как ospsuite.utils, необходимо загружать вручную.

Типичный рабочий процесс в TLF

Процесс создания графиков с помощью библиотеки TLF представляет собой стандартный рабочий процесс, состоящий из нескольких шагов:

  • Сбор данных: соберите данные и упорядочите их в аккуратном формате data.frame.
  • Предварительная обработка данных: используйте класс AggregationSummary для предварительной обработки данных.
  • Группировка данных: примените класс GroupMapping, чтобы указать группы данных, которые будут отображаться в виде заголовков в подписях к рисункам.
  • Отображение данных: используйте класс DataMapping для выбора независимых и зависимых переменных обрабатываемых данных и выбора внешнего вида, который будет различать указанные группы данных.
  • Конфигурация графика: задайте объект PlotConfiguration, который описывает настройки графика, такие как маркировка осей, размеры шрифта и водяные знаки.
  • Генерация графика: создайте объект ggplot, используя специальную функцию построения графика из классов выше.

Соглашения об именах

TLF использует специальные соглашения об именах для функций и классов, относящихся к отдельным графикам. Соглашение для классов следует формату <Plot Name><Class>, а функции используют формат <function><Plot Name>. Примеры включают:

  • PKRatio: PKRatioDataMapping, PKRatioPlotConfiguration, plotPKRatio
  • DDIRatio: DDIRatioDataMapping, DDIRatioPlotConfiguration, plotDDIRatio
  • IndividualIdProfile: Индивидуалидпрофиледатамаппинг, Индивидуалидпрофилеплотконфигуратион, сюжетиндивидуалидпрофиле
  • ObsVsPred: ObsVsPredDataMapping, ObsVsPredPlotConfiguration, plotObsVsPred
  • Histogram: HistogramDataMapping, HistogramPlotConfiguration, plotHistogram
  • BoxWhisker: BoxWhiskerDataMapping, BoxWhiskerPlotConfiguration, plotBoxWhisker

Предварительная обработка данных

Класс AggregationSummary упрощает вычисление сводной статистики из необработанных данных. Например, он может вычислить минимальное и среднее значение для каждого человека в заданном столбце набора данных. Он работает в три этапа:

  • Выбирает три набора столбцов из входного фрейма данных data: набор независимых переменных (xColumnNames), набор группирующих переменных (groupingColumnNames) и набор зависимых переменных (yColumnNames).
  • Для каждого значения независимой переменной xColumnNames строки кадра данных объединяются в группы, определяемые уникальными комбинациями элементов в столбцах группирующих переменных groupingColumnNames.
  • Оценивает сводную статистику для yColumnNames переменных в каждой группе. Функции для вычисления сводной статистики задаются при инициализации AggregationSummary через aggregationFunctionsVector.

Заключение

Хотя в этом руководстве представлен обзор пакета TLF и его возможностей, всегда лучше обращаться к официальной документации для получения самой актуальной и полной информации. Являетесь ли вы опытным специалистом по данным или начинающим исследователем, пакет TLF — это мощный инструмент для визуализации данных, который может стать активом в вашем наборе инструментов для анализа данных.