Образец файла загружен в MediaFile.
Справочная информация
Раздел 1. В образце файла "Лист1"
a. Values in “Column A” are the original name. For example from Cell A1:
“>hg19_refGene_NM_000392_0 range=chr10:101542463-101542634 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none”
b. Values in “Column B” is a value that correspond to values in Column A, for example
from Cell B1 which correspond to value in Cell A1: “ABCC2”
Раздел 2. В образце файла "Лист2"
a. In the Sheet2, the values from Sheet1 have been separated to clarify the data because
in Sheet1, everything is packed in one cell.
b. Column A represents “GENE”, which refers to the value in Column B in Sheet1, for example,
“ABCC2” from Section 1 of this article.
c. Column B represents “refGENE”, an example of refGENE is “NM000392” which come from the
original name from “Sheet1”
d. Column C represents “CHROMOSOME”, this is another value that was derived from Values in
Column A of Sheet1, for example, “chr10”
e. Similar Idea, “EXON START” came from the original name in Column A of Sheet1, for
example “101542463”
f. And “EXON END” came from the original name in Column A of Sheet1, for example “101542634”
Задача состоит в том, чтобы разработать программу, отвечающую следующим требованиям:
Требование 1: подсчет для каждого гена количества наблюдений за каждым refGene, например:
Пример таблицы refGENE COUNT NM000927 29 NM00078 32 NM00042 32 . . . . . .
Примечание. Я делаю это с помощью СУММПРОИЗВ в Excel, однако я не знаю, как поместить все в простую таблицу.
Требование 2. Это требует сравнения значений в двух разных строках. Обратите внимание, что для этого требуется использовать исходное имя из «Лист1». Пожалуйста, не используйте отдельное значение от "Лист2". По сути, это запрос каждой строки, если Gene, Chromosome, EXONSTART, EXON END совпадают, затем удаляются строки с наименее частым refgene. Я объясню ниже.
В «Shee1» есть «Оригинальное имя» и «GENE»,
Шаг 1. Сравните, совпадают ли значения в столбце B. Например, при сравнении строки 1 и строки 2 есть ABCC2 и ABCC2. Это удовлетворяет условию, поэтому переходите к шагу 2, в противном случае продолжайте сравнивать GENE из разных строк.
Шаг 2. Сравните значения "chr" из разных строк, тот же пример из предыдущего шага. В строке 1 chr10, а в строке 2 chr10, так как они одинаковы, переходите к следующему шагу, иначе идите дальше.
Шаг 3: Теперь сравните "exon start" - число выглядит как 101542463 в строке 1, а число в строке 2 выглядит как 101544365, теперь они не совпадают, сохраните файл и двигайтесь дальше. Представьте, если числа совпадают, а затем продолжайте сравнивать «конец экзона», что является шагом 4.
Шаг 4. Предположим, что "начало экзона" в двух разных строках одинаково, затем сравните "конец экзона". Номер из строки 1 выглядит как 101542634, а номер «конца экзона» из строки 2 выглядит как 101544538. То же условие, что и выше, если они разные, оставьте файл в покое и продолжите сравнение следующего GENE.
Вот часть, которая требует внимания, если они одинаковы, это означает, что «GENE» одинаковы, «chr» одинаковы, «exon start» и «exon end» одинаковы. В итоге все то же самое, значит есть дублирующаяся строка. Теперь повторяющиеся строки будут удалены. Но каково условие удаления строки. Это вернет нас к задаче, которую мы решили из требования 1. Помните, что количество вхождений было подсчитано для всех refGENE? Вспомните 29 раз для NM000927, 32 раза для Nm00078. Строки «GENE», которые нужно удалить, содержат NM000927.
Но, пожалуйста, записывайте все удаленные данные и все оставшиеся данные, желательно с таблицей.
1)Sheet2 не имеет данных, как упоминалось в вашем сообщении?2)Чтобы получить таблицу, показанную на изображении выше, вы всегда можете использовать сводную таблицу вместо Sumproduct(). :) - person Siddharth Rout schedule 06.05.20121) Sheet2 doesn't have any data as your post mentioned?- person Siddharth Rout schedule 07.05.2012