У меня есть карта с пользовательской проекцией (для тайлов maps.yandex.ru) и проекцией по умолчанию (тайлы Google и OSM). Когда я добавляю KmlLayer на карту в проекции по умолчанию, все выглядит нормально: 
Но переключение карты на слой maps.yandex (в пользовательской проекции)... 
и kml-объекты неуместны.
Как сообщить KmlLayer о пользовательской проекции?
Насколько я понимаю, любой заданный объект, который имеет широту/долготу (a, b) в проекции Меркатора, будет иметь другое значение, чем (a, b) в пользовательской проекции. Например, если ваша пользовательская проекция была полярной, объект будет иметь расстояние от фиксированной точки и угол от фиксированного направления, а широта/долгота вообще не будет. Таким образом, способ сообщить KMLLayer о пользовательской проекции состоит в том, чтобы преобразовать координаты каждого объекта и переписать KML.
