Есть ли способ заставить инструмент javadoc документировать аннотации?

Указывает, что аннотации с типом должны документироваться javadoc и подобными инструментами по умолчанию. Этот тип следует использовать для аннотирования объявлений типов, чьи аннотации влияют на использование аннотированных элементов их клиентами. Если объявление типа снабжено аннотацией Documented, его аннотации становятся частью общедоступного API аннотированных элементов.

Пример:

import java.lang.annotation.Documented;

@Documented
public @interface MyAnnotation {
}