Подрисунки или подзаголовки с вязкой?

knitr (>= v1.5) поддерживает подрисунки. Вы можете использовать опцию чанка fig.subcap. Вот минимальный пример.

\documentclass{article}
\usepackage{subfig}
\begin{document}

<<fig-sub, fig.cap='two plots', fig.subcap=c('one plot', 'the other one'), out.width='.49\\linewidth'>>=
plot(1:10)
plot(rnorm(10), pch=19)
@

\end{document}

Обновление ответа от Yihui, чтобы отразить изменения в Rmarkdown за последние несколько лет, а также отказ от файлов Rnw.

Как указано в параметрах фрагмента, для подрисунков необходимо установить несколько дополнительных параметров в заголовке фрагмента:

• fig.subcap — это список подписей к подрисункам.
• fig.ncol: количество столбцов субфигурок
• out.width: выходная ширина фигур. Обычно вы устанавливаете это 100%, деленное на количество подстолбцов.

Для подрисунков также требуется пакет LaTeX subfig. Поэтому строка \usepackage{subfig} должна быть включена в YAML, или, если вы используете внешний текстовый шаблон, вы можете добавить его в этот файл.

Вот базовый шаблон:

---
output: pdf_document
header-includes:
   - \usepackage{subfig}
---  

```{r fig-sub, fig.cap='two plots', fig.subcap=c('one plot', 'the other one'), out.width='.49\\linewidth', fig.asp=1, fig.ncol = 2}
plot(1:10)
plot(rnorm(10), pch=19)
```

Использование с ggplot2

Если вы рисуете субфигуры, которые содержат несколько графиков ggplot, это может привести к беспорядку, поскольку они не выстраиваются между графиками. Вы можете проверить этот пост здесь о том, как использовать cowplot, чтобы заставить ggplots иметь одинаковые размеры.

Этот пост о стеке с переполнением поможет вам убедиться, что все графики выровнены, как показано на изображении ниже:

Предоставление списка подрисунков

Просто поделился этим как возможным расширением субфигур. Мне нравится использовать их для того, чтобы скармливать им список цифр. Возможно, вы создали функцию, которую нужно запустить в четырех разных пробных группах или в четырех разных местах. Например, вот список из четырех городов Великобритании:

```{r}
locations <- c("Southampton, UK", "London, UK", "Bristol, UK", "Birmingham, 
```

Затем этот список можно использовать в fig.sub и lapply для создания списка субфигурок. Если вам нужно запустить

```{r fig-sub-2, fig.cap='A collection of maps', fig.subcap= locations, out.width='.49\\linewidth', fig.asp=1, fig.ncol = 2}
library(ggmap)
lapply(locations, function(x) 
  ggmap(get_map(x))
  )
```

Это делает субфигуры достаточно надежными. Если мне нужно запустить мою модель в дополнительной паре городов, все, что мне нужно сделать, это добавить дополнительные значения в список location, и подцифры будут одинаковой длины.

Вы можете использовать пакет Latex подзаголовок.

\documentclass{article}
\usepackage{subcaption}

\begin{document}

\begin{figure}
\centering
\begin{subfigure}[b]{0.3\textwidth}
\centering
<<echo = FALSE, out.width = "0.5\\textwidth", fig.align = "center">>=
  plot(1:10)
@
\caption{text for first figure}
\label{fig:gull}
\end{subfigure}%

\begin{subfigure}[b]{0.3\textwidth}
\centering
<<echo = FALSE, out.width = "0.5\\textwidth", fig.align = "center">>=
  plot(30:100)
@
\caption{text for second figure}
\label{fig:tiger}
\end{subfigure}
\caption{Figure caption}
\end{figure}

\end{document}