Инструменты Hibernate Pojo Generation использует Set по умолчанию

Если вы используете файлы HBM, вы можете использовать <bag> или <list> вместо <set>.

Ознакомьтесь с документацией по Hibernate по адресу: http://docs.jboss.org/hibernate/core/3.5/reference/en/html/collections.html#collections-mapping

На самом деле Hibernate создает сопоставление со структурой вашей базы данных. У меня есть сопоставление «один ко многим» без столбца индекса, поэтому он генерирует «Set», который является правильным для неиндексированного сопоставления «один ко многим».