Какие файлы и каталоги следует игнорировать при помещении моего проекта Yii под контроль версий?

Один из примеров (для Git, но можно адаптировать и для Mercurial) рекомендует игнорировать:

• swp — файлы подкачки VIM
• .buildpath, .project, .settings — файлы и папки, сгенерированные Eclipse
• .idea — папка, созданная JetBrains PhpStorm
• assets/* — все под активами генерируется Yii во время выполнения
• runtime/* — то же самое относится ко всему во время выполнения, мы не хотели бы контролировать их версии
• protected/data/*.db — для пользователей sqlite, остановить базы данных sqlite контроля версий
• protected/tests/report/* — отчет о тестировании покрытия кода (Только начал практиковать TDD, отсюда и это)

Вот по умолчанию для Yii из github, это не для mercurial, а для вас может портировать. также есть для других фреймворков и IDE

Синтез и обобщение предыдущих ответов (без точных списков файлов, но общие принципы)

Для любого Инструмента и любого SCM общепринятым правилом является «Не хранить рабочие артефакты в репозитории, хранить минимальный набор объектов, позволяющий продолжить работу на любом новом месте».