Цветовые метки (текст) в тепловой карте R

Я пытаюсь сделать тепловую карту в R, в которой текст метки окрашен (чтобы указать, из какой группы исходит точка данных).

В настоящее время я использую Heatmap.2, но был бы рад использовать другой пакет.

heatmap.2(data.matrix(data),trace = 'none', dendrogram='none',ColSideColors=col)

Этот вызов дает мне цветную полосу (ColSideColors) вдоль меток, но я хотел бы сделать сами метки цветными.

Большое спасибо!


r colors heatmap labels
person user1795995    schedule 03.11.2012    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
3
arrow_downward

Вам нужно будет создать новую функцию, которая включает аргумент col.axis. Это строка функции для работы:

# there were four long pages of code before this section:

axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexCol)
if (!is.null(xlab)) 
        mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexRow)
person IRTFM    schedule 03.11.2012

arrow_upward
0
arrow_downward

Недавно у меня была такая же проблема, и в итоге я использовал mtext вместо оригинального axis. Предыдущие ответы показали оператор axis для построения меток. Однако col.axis мог указать только один цвет. Чтобы включить векторный цвет,

#    axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexCol )
mtext(side = 1, text = labCol, at = 1:nc, las = 2, line = 0.5,col = ClabColor, cex = cexCol)


#    axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexRow )
mtext(side = 4, text = labRow, at = iy, las = 2, line = 0.5,col = RlabColor, cex = cexCol)

Также не забудьте добавить в функцию еще два аргумента, ClabColor = "black", RlabColor = "black". Цвета по умолчанию — черный.

Еще одна вещь, на которую вам нужно обратить внимание, это то, что цвет вектора должен следовать порядку меток, которые переставляются при вычислении дендрограмм.

person lwz0203    schedule 28.03.2013

arrow_upward
0
arrow_downward

Я не могу ответить lwz0203 из-за отсутствия прав на комментирование, но их код не совсем полон. Вам нужно добавить строки:

if(is.vector(RlabColor)) {
    RlabColor=RlabColor[rowInd]
}

(и аналогично для ClabColor)

if(is.vector(ClabColor)) {
    ClabColor=ClabColor[colInd]
}

в какой-то момент в коде, иначе вы получите раскраску, не совпадающую с метками, когда вы используете вектор цветов. Текст в векторе labRow или labCol переупорядочивается уже с кодом:

if (is.null(labRow))
    labRow <- if (is.null(rownames(x)))
        (1:nr)[rowInd]
        else rownames(x)
else labRow <- labRow[rowInd]

Поэтому я добавляю переупорядочение RlabColor и ClabColor в одном месте.

person procrastinator    schedule 29.01.2014