Как найти и заменить 3 или более символов на 3 или более символов в String Java?

Конечно, вы можете делать это разными способами, и, вероятно, это хорошее упражнение для самостоятельного выполнения. Здесь у вас есть базовая реализация, использующая только базовые структуры цикла и ничего особенного, как библиотеки StringUtils... Обратите внимание, что ваша предыдущая реализация цикла пропустила бы несколько вхождений одного и того же символа, повторяющихся в разных местах linha.

static int index(String lookInStr, char lookUpChr) {
    return lookInStr.indexOf(new String(new char[] { lookUpChr, lookUpChr, lookUpChr }));
}

public static void main(String[] args) {
    String linha = "####,@@@@@@@@,$$$$,%%%%,@%@@@,!!!!", validos = "$#%!@";
    for (int i = 0; i < validos.length(); i++) {
        char currentSearchChar = validos.charAt(i);
        do {
            int index = index(linha, currentSearchChar);
            if (index >= 0) {
                int count = -1;
                do {
                    count++;
                } while (linha.charAt(count + index) == currentSearchChar && count + index < linha.length() - 1);
                String replacementSeq = "";
                for (int j = 0; j < count; j++) {
                    replacementSeq += "-";
                }
                linha = linha.replaceAll("\\" + validos.charAt(i) + "{" + count + ",}", replacementSeq);
            }
        } while (index(linha, currentSearchChar) >= 0);
    }
    System.out.println(linha);
}

Если вы пытаетесь заменить сразу три символа и вместо этого хотите три символа подчеркивания, вам просто не хватает этого:

linha = linha.replaceAll("\\" + validos.charAt(i) + "{3,}", "___");

Если вы хотите, чтобы они были разделены запятыми:

linha = linha.replaceAll("\\" + validos.charAt(i) + "{3,}", "_,_,_");

По сути, это разбивает строку на отдельные блоки, затем проверяет длину блоков и либо возвращает исходный блок, либо заменяет его символами подчеркивания.

static String convert(String s) {
    StringBuilder sb = new StringBuilder();

    for(int i = 0; i < s.length(); i++) {
        char c = s.charAt(i);
        StringBuilder tempSb = new StringBuilder();

        for(; i < s.length(); i++) {
            char d = s.charAt(i);

            if(d != c) {
                i--;
                break;
            } else {
                tempSb.append(d);
            }
        }

        String t = tempSb.toString();
        if(t.length() < 3) {
            sb.append(t);
        } else {
            sb.append(repeat("_", t.length()));
        }
    }

    return sb.toString();
}

public static void main(String[] args) {
    String x = convert("##,$$$$,%%%%,@%@@@,!!!!");
    System.out.println(x); // ##,____,____,@%___,____
}

А вот простой метод повторения:

static String repeat(String s, int repeatCount) {
    StringBuilder sb = new StringBuilder();

    for(int i = 0; i < repeatCount; i++) {
        sb.append(s);
    }

    return sb.toString();
}

На самом деле это не реализовано, но вы можете посмотреть на это:

В Matcher есть find(int start), start() и end()

Создайте шаблон для «3 или более повторяющихся символов» (вы можете обратиться к комментарию в своем вопросе).

псевдокод примерно такой:

int lastEndingPosition = 0;
StringBuilder sb;

while (matcher can find next group) {
  // add the unmatched part
  sb.append( substring of input string from lastEndingPosition to matcher.start() ); 

  // add the matched part
  sb.append( "-" for matcher.end() - matcher.start() times);
  lastEndingPosition = matcher.end();
}
sb.append( substring of input string from lastEndingPosition to the end);

Вероятно, есть более элегантный способ сделать это. Это всего лишь одна альтернатива