Рекомендации по разработке документов Sweave

Несколько других пользователей R, с которыми я говорил, используют установку «один каталог для каждого проекта» и простой файл Makefile. Как вы и подозревали, это хорошо работает с Emacs / ESS.

Я обычно называю простой сценарий оболочки sweave, который я написал до того, как был добавлен 'R CMD Sweave' (поскольку я считаю, что воссоздание или копирование Makefile непривлекательно, YMMV). Я также использую Emacs и программу просмотра PDF-файлов с автоматическим обновлением (например, okular или kpdf). Emacs23 также может предварительно просматривать файлы pdf, но я еще не переключил свой рабочий процесс на это.

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

Вы можете делать все, что вы предлагаете, с помощью плагина StatET для Eclipse. Это то, что я использую для разработки Sweave; он очень хорошо понимает как латекс, так и R, включая подсветку синтаксиса и т. д.

Вы можете получить его здесь: http://www.walware.de/goto/statet.

Лонгау Лам написал хорошее руководство: http://www.splusbook.com/Rintro/R_Eclipse_StatET.pdf.

http://www.statalgo.com/?p=93

Я использую TeXShop в OS X для создания всех своих отчетов LaTeX и Sweave. Для меня новый конвейер компиляции так же прост, как добавление файла с именем Sweave.engine в ~/Library/TeXShop/Engines/, который содержит следующее:

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

Sweave теперь является выбираемым методом компиляции документа внутри TeXShop. Я могу установить его по умолчанию для документа, добавив следующий хэш-код TeX в начало файла:

% !TEX TS-program = Sweave

При нажатии Cmd-T документ будет набран - PDF-файл автоматически появится в отдельном окне. TeXShop также включает технологию SyncTeX, поэтому нажатие Cmd-Click в источнике Rnw будет выделять соответствующий вывод в Окно PDF и нажатие Cmd-Click в окне PDF выделит соответствующий вход в источнике Rnw.

TeXShop предназначен только для Mac, но для Linux доступен отличный клон на основе Qt / poppler, TeXworks. , Windows и Mac и поддерживает многие из тех же функций, включая хэш-коды TeX и SyncTeX. TeXworks достиг такого уровня зрелости, когда он включен в версию 2.8 пакета MikTeX для Windows.

Попробуйте RStudio.

Я был поклонником Emacs и TeXShop, как упоминалось в предыдущих ответах.

Однако Rstudio начинает меня покорять. Это быстро улучшающаяся специализированная IDE для R. Определенно стоит попробовать.

Мне до сих пор нравится выполнять определенные задачи разработки только для R в стандартной среде R IDE для Mac. Но для документов Sweave и некоторых связанных разработок R в то же время RStudio выигрывает. Он работает практически без дополнительных настроек. Я не уверен в функциях, связанных с PDF, во второй половине исходного вопроса.

Одна вещь, которая сэкономила мне время, - это режим автоматической вставки в emacs. Я настроил его так, что каждый раз, когда я открываю новый файл .rnw, emacs автоматически настраивает базовый шаблон документа, и все, что мне нужно сделать, это начать писать свой отчет.

Обновление: я отказался от автоматической вставки. Теперь я использую подход «template.el».

Я также использую подход «один каталог на проект» и Makefile. Я также включаю команды для создания вывода в HTML, который затем можно преобразовать в OOo и MS Word с помощью tth. Это важно для меня, поскольку многие из моих сотрудников являются пользователями MS Office и не хотят использовать вывод PDF. Я многое узнал о том, как это сделать, из рассказов Фрэнка Харрелла в «Вандербильте».

Лично я использую gvim в качестве редактора, и запустить make оттуда довольно просто, как и из Emacs.