В EGit 2.3 они добавили возможность быстрого слияния без перемотки вперед в соответствии с их документами о выпуске.
«Поддержка git merge --no-ff в качестве предпочтения EGit».
У меня есть вопрос, где вы устанавливаете это предпочтение? Я попробовал «Настройки» -> «Команда» -> «Git» -> «Конфигурация» -> «Настройки репозитория», а затем в разделе «[Основное]» установил «mergeoptions = --no-ff», но это, похоже, не работает.