Я пытаюсь загрузить файл последовательности из базы данных банка генов с помощью Perl, но он показывает ошибку. У меня нет руководства по исправлению моей программы.
Кто-нибудь может мне с этим помочь? Ошибка в строке 6 (use Bio::DB::GenBank;
)
Файл accnumber.txt находится на моем рабочем столе, и я запускаю программу с самого рабочего стола. Я использую CentOS.
#!usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::GenBank;
open (INPUT_FILE, 'accnumber.txt');
open (OUTPUT_FILE, 'sequence_dwnl.fa');
while()
{
chomp;
my $line = $_;
my @acc_no = split(",", $line);
my $counter = 0;
while ($acc_no[$counter])
{
$acc_no[$counter] =~ s/\s//g;
if ($acc_no[$counter] =~ /^$/)
{
exit;
}
my $db_obj = Bio::DB::GenBank->new;
my $seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc($acc_no[$counter]);
my $sequence1 = $seq_obj->seq;
print OUTPUT_FILE ">"."$acc_no[$counter]","\n";
print OUTPUT_FILE $sequence1,"\n";
print "Sequence Downloaded:", "\t", $acc_no[$counter], "\n";
$counter++;
}
}
close OUTPUT_FILE;
close INPUT_FILE;
Я получаю следующие ошибки:
Bareword "Bio::DB::GenBank" not allowed while "strict subs" in use at db.pl line 6.
Bareword "new" not allowed while "strict subs" in use at db.pl line 27.
Bareword "seq" not allowed while "strict subs" in use at db.pl line 29.
Execution of db.pl aborted due to compilation errors.
open (OUTPUT_FILE, 'sequence_dwnl.fa');
должно бытьopen (OUTPUT_FILE, '>', 'sequence_dwnl.fa');
, но это не похоже на проблему, которую вы определяете. - person kjprice   schedule 27.03.2013#!/usr/bin/perl -w
- person imran   schedule 27.03.2013#!/usr/bin/perl -w
Также у вас есть>
по всему сценарию. Замените это на «› ». Сообщите нам, какие еще ошибки вы видите при запуске скрипта. - person imran   schedule 27.03.2013use warnings;
в наши дни обычно поощряется более-w
. stackoverflow.com/questions/221919/ - person Jim Davis   schedule 28.03.2013Bio::Perl
и отладить сценарий для вас, но даже после исправления вещей, упомянутых здесь, сценарий все еще имеет серьезные проблемы. Например, он будет работать в бесконечном цикле без какого-либо значимого вывода. Тем не менее, поскольку вы все еще получаете ошибки с голым словом, я подозреваю, что вы не исправили>
проблемы. И тот факт, что вы получаете их в строке 6, заставляет меня подозревать, что вы на самом деле используете тот же код, что и выше. - person Alois Mahdal   schedule 30.03.2013