Я использовал модуль Bio::DB::EntrezGene
из BioPerl
, чтобы получить имена генов Entrez с числовым идентификатором.
Это работало нормально в течение нескольких месяцев, и совсем недавно, две недели назад. Однако в последнее время он возвращает только ошибку.
Самое странное (для меня) это то, что это происходит, даже если я просто запускаю пример кода из документации. Например, если я запускаю это:
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Bio::DB::EntrezGene;
my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;
my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids
while ( my $seq = $seqio->next_seq ) {
print "id is ", $seq->display_id, "\n";
}
exit;
Я получаю это:
Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.
UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94
Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!
first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:
::= {
{
track-
at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171
Если у кого-то есть какие-либо идеи о том, что может происходить и как это исправить, это было бы очень признательно. Спасибо!