autocurve.edges отлично справляется с изгибом краев графических графиков, чтобы они не перекрывались, когда они указывают в одном направлении. Однако, когда они указывают в противоположных направлениях, кривизна не применяется.
d <- data.frame(start=c("a","a","b","c"),end=c("b","b","c","b"))
graph <- graph.data.frame(d, directed=T)
plot(graph,
vertex.color="white")
Проблема заключается в стрелках между b и c (или c и b).
Какие-либо предложения, кроме указания кривизны вручную?
Я бы использовал параметр edge.curved с тем же вызовом seq, который использует autocurve.edges.
plot(graph,
vertex.color="white", edge.curved=seq(-0.5, 0.5, length = ecount(graph)))
Как указал Этьен, это решение также искривляет края для уникальных наблюдений. Решение состоит в том, чтобы изменить функцию autocurve.edges. Это моя модифицированная функция под названием autocurve.edges2. По сути, он генерирует вектор, который искривляет только неуникальные ребра.
autocurve.edges2 <-function (graph, start = 0.5)
{
cm <- count.multiple(graph)
mut <-is.mutual(graph) #are connections mutual?
el <- apply(get.edgelist(graph, names = FALSE), 1, paste,
collapse = ":")
ord <- order(el)
res <- numeric(length(ord))
p <- 1
while (p <= length(res)) {
m <- cm[ord[p]]
mut.obs <-mut[ord[p]] #are the connections mutual for this point?
idx <- p:(p + m - 1)
if (m == 1 & mut.obs==FALSE) { #no mutual conn = no curve
r <- 0
}
else {
r <- seq(-start, start, length = m)
}
res[ord[idx]] <- r
p <- p + m
}
res
}
И вот результат при добавлении единственного несовпадающего ребра (C- ›D):
library(igraph)
d <- data.frame(start=c("a","a","b","c","c"),end=c("b","b","c","b","d"))
graph <- graph.data.frame(d, directed=T)
curves <-autocurve.edges2(graph)
plot(graph, vertex.color="white", edge.curved=curves)
