Ошибка теста Фишера: LDSTP слишком мал

вход

NN <- c(359,32);JJ <- c(108,13);NNS <- c(103,15);VBN <- c(95,9);RB <- c(63,11);NNP <- c(56,0);VBG <- c(55,10);IN <- c(38,16);VB <- c(20,10);CD <- c(17,6);CC <- c(11,6);DT <- c(11,4);MD <- c(8,5);PRP4 <- c(8,1);PRP <- c(7,4);FW <- c(5,1);VBD <- c(5,3);RBR <- c(4,0);VBP <- c(4,1);VBZ <- c(4,3);WRB <- c(4,2);EX <- c(3,1);NNPS <- c(2,0);WDT <- c(2,3);WP <- c(2,1);PDT <- c(1,1);POS <- c(1,0);RBS <- c(1,0);TO <- c(1,1);UH <- c(0,1)
Finaltable <-
cbind(NN,JJ,NNS,VBN,RB,NNP,VBG,IN,VB,CD,CC,DT,MD,PRP4,PRP,FW,VBD,RBR,VBP,VBZ,WRB,EX,NNPS,WDT,WP,PDT,POS,RBS,TO,UH)
rownames(Finaltable) <- c("tag1","tag2")
Finaltable

chisq.test(Finaltable)


fisher.test(Finaltable)

выход

fisher.test(Finaltable) : FEXACT error 7.
LDSTP is too small for this problem.
Try increasing the size of the workspace.

Как я могу решить эту проблему, не изменяя исходные данные? Есть ли какой-нибудь непараметрический тест для этого сравнения?


person Choijaeyoung    schedule 11.06.2013    source источник


Ответы (1)


Вы можете попробовать увеличить аргумент workspace по сравнению со значением по умолчанию, но я не знаю, сможете ли вы сделать его достаточно большим (я сдался на workspace=2e8, что все равно не работает; у меня закончилась память на workspace=2e9. ) Вы также можете попробовать смоделированные значения p, например. fisher.test(Finaltable,simulate.p.value=TRUE,B=1e7) (например), но поскольку p-значение чрезвычайно мало, вам понадобится огромное количество симуляций (B), если вы хотите сделать больше, чем ограничивать p-значение, что также будет очень медленным. (Для большинства целей знания о том, что p равно <1e-7, более чем достаточно, но в некоторых контекстах биоинформатики люди хотят использовать p в качестве показателя мощности сигнала и/или вводить массовые сравнения множественных поправок. не очень нравятся эти подходы, но они там...)

person Ben Bolker    schedule 11.06.2013