Найти самые последние дубликаты ID с помощью MySQL

Ну вы как бы ответили на свой вопрос. Кажется, вы хотите max(id):

SELECT email, COUNT(email) AS occurences, max(id)
FROM wineries
GROUP BY email
HAVING (COUNT(email) > 1);

Вы можете удалить другие, используя оператор. Удалить с помощью join имеет сложный синтаксис, где вы должны сначала указать имя таблицы, а затем указать предложение from с соединением:

delete wineries
            from wineries join
            (select email, max(id) as maxid
             from wineries
             group by email
             having count(*) > 1
            ) we
            on we.email = wineries.email and
               wineries.id < we.maxid;

Или напишите это как предложение exists:

delete from wineries
    where exists (select 1
                  from (select email, max(id) as maxid
                        from wineries
                        group by email
                       ) we
                  where we.email = wineries.email and wineries.id < we.maxid
                 )

delete from wineries
where id not in
(
  select * from 
  ( 
     select min(id)
     from wineries
     group by email
  ) x
)

Вам нужен подзапрос, чтобы обмануть MySQL, чтобы удалить из таблицы, из которой он выбирает в то же время.

DELETE duplicates.*
FROM wineries
JOIN wineries AS duplicates USING (email)
WHERE duplicates.id < wineries.id;

поэкспериментируйте с ним на sqlfiddle.com

Это самый простой вариант:

DELETE FROM wineries
 WHERE id NOT IN
(
  SELECT MIN(id) id
    FROM wineries
GROUP BY email 
);

Это сохранит только первую вставленную запись для каждого адреса электронной почты, все остальные записи будут удалены. Кредит за этот ответ должен быть передан @juergen d, так как это всего лишь исправленная версия его ответа.