Вставить скрытый дайджест в pdf с помощью библиотеки iText

В вашем случае PieceInfo в каталоге документов кажется наиболее подходящим.

Используя iText, вы можете хранить там данные и извлекать их обратно, как показано ниже, с помощью вспомогательного класса DocumentPieceInfo:

Хранение данных документа PieceInfo

PdfName appName = new PdfName("MYAPP");
PdfName dataName = new PdfName("Hash");

DocumentPieceInfo dpi = new DocumentPieceInfo();

PdfReader reader = new PdfReader(...);
dpi.addPieceInfo(reader, appName, dataName, new PdfString(data));

PdfStamper stamper = new PdfStamper(reader, ...);
stamper.close();

Получение данных документа PieceInfo

PdfName appName = new PdfName("MYAPP");
PdfName dataName = new PdfName("Hash");

DocumentPieceInfo dpi = new DocumentPieceInfo();

PdfReader reader = new PdfReader("target/test-outputs/test-with-piece-info.pdf");
PdfObject myData = dpi.getPieceInfo(reader, appName, dataName);

Вспомогательный класс DocumentPieceInfo

public class DocumentPieceInfo
{
    static PdfName PIECE_INFO = new PdfName("PieceInfo");
    static PdfName LAST_MODIFIED = new PdfName("LastModified");
    static PdfName PRIVATE = new PdfName("Private");

    void addPieceInfo(PdfReader reader, PdfName app, PdfName name, PdfObject value)
    {
        PdfDictionary catalog = reader.getCatalog();
        PdfDictionary pieceInfo = catalog.getAsDict(PIECE_INFO);
        if (pieceInfo == null)
        {
            pieceInfo = new PdfDictionary();
            catalog.put(PIECE_INFO, pieceInfo);
        }

        PdfDictionary appData = pieceInfo.getAsDict(app);
        if (appData == null)
        {
            appData = new PdfDictionary();
            pieceInfo.put(app, appData);
        }

        PdfDictionary privateData = appData.getAsDict(PRIVATE);
        if (privateData == null)
        {
            privateData = new PdfDictionary();
            appData.put(PRIVATE, privateData);
        }

        appData.put(LAST_MODIFIED, new PdfDate());
        privateData.put(name, value);
    }

    PdfObject getPieceInfo(PdfReader reader, PdfName app, PdfName name)
    {
        PdfDictionary catalog = reader.getCatalog();

        PdfDictionary pieceInfo = catalog.getAsDict(PIECE_INFO);
        if (pieceInfo == null)
            return null;

        PdfDictionary appData = pieceInfo.getAsDict(app);
        if (appData == null)
            return null;

        PdfDictionary privateData = appData.getAsDict(PRIVATE);
        if (privateData == null)
            return null;

        return privateData.get(name);
    }
}

Этот класс предполагает, что значение Private является словарем, в котором, в свою очередь, хранятся личные данные. Впрочем, это может быть что угодно. Для обработки личных данных, сгенерированных другими программами, вам могут понадобиться некоторые изменения.