Как объединить разные стеки в ImageJ?

Я пытаюсь найти способ объединить два стека вместе. Например, я делаю несколько изображений сомы нейрона в 60-кратном увеличении, а затем я возьму еще одну стопку в 60-кратном увеличении для базального дендрита. Тогда как я могу объединить их вместе?


stack merge alignment imagej
person Daniele Piccolo    schedule 19.09.2013    source источник

Ответы (5)


arrow_upward
4
arrow_downward

Объединение стеков

Вероятно, вы хотите создать составное изображение, в котором каждый стек изображений образует один из каналов в комбинированном многоканальном изображении. Вы можете сделать это с помощью Объединить Каналы команда:

Объединить каналы

Просто откройте каждый стек изображений отдельно, затем запустите Image > Stack > Merge Channels..., назначив каждый стек изображений нужному каналу. Результатом будет композиция каждой соответствующей плоскости.

С другой стороны, если вы имеете в виду объединение каждой плоскости каким-то математическим способом (хотя я так не думаю), Калькулятор изображений может объединять два стека с помощью различных операций:

Калькулятор изображений

Регистрация/выравнивание изображения

Я также предполагаю, что ваши изображения должны быть сначала зарегистрированы, тем более что вы пометили этот вопрос alignment.

В дистрибутиве ImageJ Fiji для этого есть несколько полезных инструментов, в том числе:

См. вики Фиджи, чтобы узнать о других вариантах.

person ctrueden    schedule 26.09.2013
comment
Знаете ли вы о каком-либо плагине ImageJ, который позволяет вручную (например, с помощью мыши) зарегистрировать два стека и преобразовать один стек в геометрию другого? Я устал пробовать миллионы алгоритмов автоматической регистрации, которые в конце концов работают недостаточно хорошо, когда мне просто нужно жестко выровнять два стека. - person bers; 08.09.2017
comment
@bers Плагин Align Image by line ROI — это метод ручной регистрации, который делает то же самое для двух изображений. imagej.net/Align_Image_by_line_ROI - person ctrueden; 09.09.2017
comment
Да - мне нужны стеки, однако ☺️ - person bers; 09.09.2017
comment
@bers Вы хотите выровнять их по кусочкам? Или вам нужна трехмерная линия, пересекающая плоскости? - person ctrueden; 21.09.2017
comment
Что ж, выравнивание двух линий в 3D несколько неуместно, потому что вы все еще можете свободно вращаться вокруг линии; но да, я ищу интерактивную 3D-регистрацию с возможностью перемещения и вращения вокруг всех трех осей. - person bers; 21.09.2017
comment
@bers Возможно, эта ветка на ImageJ Форум полезен. - person ctrueden; 23.09.2017
comment
это, безусловно, выглядит полезным. Поскольку я тем временем нашел работающее решение с MITK, я не буду пытаться понять, как открыть фактические данные в SIPM сейчас;) но приятно знать, что я могу, если мне нужно. Спасибо! - person bers; 25.09.2017

arrow_upward
1
arrow_downward

после того, как вы откроете все имеющиеся у вас «мини-стеки», перейдите в: «Изображение»> «Стек»> «Инструменты»> «Объединить».

person Chen Arazi Haroush    schedule 19.06.2020
comment
Это может быть комментарий - person Farbod Ahmadian; 19.06.2020

arrow_upward
0
arrow_downward

Я не уверен, что вы имеете в виду под комбинацией.

Каналы слияния создают композит со стеком сомы одного цвета и дендритом другого.

Если вы хотите сделать так, чтобы дендрит был рядом с сомой (чтобы сделать сшитую мозаику), вы можете использовать команду «Объединить» в разделе «Стеки». Вы должны убедиться, что размеры ребер, которые вы используете для объединения, одинаковы. То есть вы комбинируете изображение 512x512 и изображение 512x128 по вертикали, и вы можете комбинировать изображения 512x512 и 128x512 по горизонтали.

Если вы хотите добавить второй стек в конце первого стека, используйте «Объединить», также под стеками.

person Im Age J    schedule 01.11.2013

arrow_upward
0
arrow_downward

Наложение флуоресценции и ДИК

  1. Откройте изображения в ImageJ
  2. При необходимости отрегулируйте контрастность: Image/Adjust/BrightnessConstrast
  3. Измените или проверьте, чтобы все изображения были в 8-битном формате. Изображение/Тип/8 бит
  4. Появится окно Image/Color/Merge Channels и окно Merge Channels.
  5. Выберите флуоресцентные изображения в соответствующих каналах R, G и B и DIC или аналогичное изображение в канале серого. Выберите «Создать композит» и нажмите «ОК».
  6. Нажмите на новое «составное» изображение, чтобы активировать его.
  7. Изображение/Тип/Цвет RGB
  8. Сохраните его как файл «Tiff»
person Aline    schedule 08.06.2016

arrow_upward
-1
arrow_downward

Я предполагаю, что вы хотите сделать следующее: screenshot_Fiji

person Hugo Trentesaux    schedule 07.02.2020