Я практикую С++ и создал класс, в котором хранятся последовательности, прочитанные из быстрого формата, а также их имена. Код ниже:
#include<fstream>
#include<iostream>
#include<string>
#include<vector>
using namespace std;
class Sequence {
vector<string> fullSequence, sequenceNames;
public:
void fastaRead(string fileName);
string getSequence(int index);
};
string Sequence::getSequence(int index)
{
return fullSequence[index];
}
void Sequence::fastaRead(string fileName)
{
vector<string> fullSequence, sequenceNames;
ifstream inputFile;
inputFile.open(fileName);
if (inputFile.is_open()) {
string currentSeq;
string line;
bool newseq = false;
while (getline(inputFile, line))
{
if (line[0] == '>') {
sequenceNames.push_back(line.substr(1,line.size()));
newseq = true;
} else {
if (newseq == true) {
fullSequence.push_back(currentSeq);
currentSeq = line;
newseq = false;
} else {
currentSeq.append(line);
}
}
}
}
inputFile.close();
}
int main()
{
Sequence inseq;
cout << "Fasta Sequence Filepath" << endl;
string input;
getline(cin, input);
inseq.fastaRead(input);
inseq.getSequence(0);
return 0;
}
Однако, когда я запускаю программу со следующим фиктивным входным файлом:
>FirstSeq
AAAAAAAAAAAAAA
BBBBBBBBBBBBBB
>SecondSeq
TTTTTTTTTTTTTT
>ThirdSequence
CCCCCCCCCCCCCC
>FourthSequence
GGGGGGGGGGGGGG
Я получаю ошибку сегментации, когда вызывается строка inset.getSequence(0)
. Что я сделал, что вызвало ошибку seg, и как мне убедиться, что этого не происходит? Я знаю, что это может иметь какое-то отношение к ошибкам в указателях, но я не думаю, что использовал указатели, которые, если я правильно помню, требуют символа *.
Спасибо, Бен.