NumberFormatException при анализе целого числа

Что происходит, когда вы нашли год? Цикл по-прежнему будет работать до конца строки, пытаясь анализировать вещи как числа каждый раз, когда он находит ) или -.

Возможно, вам следует выйти из цикла, как только вы найдете год.

                if(line.charAt(i) == ')' || line.charAt(i) == '-')//get year
                {
                    yr = line.substring(yearStart,i);
                    year = Integer.parseInt(yr);
                    break; // year found, no point in looping more
                }

Или, может быть, вам следует сбросить индекс yearStart, чтобы можно было проанализировать второй год.

                if (line.charAt(i) == '-')
                {
                    // parse first year
                    yr = line.substring(yearStart,i);
                    year = Integer.parseInt(yr);
                    yearStart = i + 1; // reset to parse second year
                }
                else if (line.charAt(i) == ')')
                {
                    yr = line.substring(yearStart,i);
                    year = Integer.parseInt(yr);
                    break; // year found
                }

Поместите Intger.parseInt в блок try/catch (аналогичный приведенному ниже), чтобы увидеть, где это не удается и как:

try { 
  year = Integer.parseInt(yr);
} catch (Exception e) {
  throw new RuntimeException(
      "Failed to parse year '" + yr + "' in line '" + line + "'", e);
}

Кстати: line.indexOf(')') возвращает позицию '(' в строке.

После того, как первый год найден, yearStart все еще находится в индексе первого года. Поэтому, когда вы пытаетесь получить subString, это все еще (2006-2009) — автоматический NumberFormatException, не удается разобрать -.

Вы должны изменить yearStart после того, как будет найден первый год:

for(int i = 0; i < line.length(); i++)
{

    if(line.charAt(i) == ')' || line.charAt(i) == '-')//get year
    {
          yr = line.substring(yearStart,i);
          year = Integer.parseInt(yr);
          yearStart = i + 1;
    }

}

Условие if(line.charAt(i) == ')' || line.charAt(i) == '-') выполняется дважды в вашем цикле. Сначала при совпадении дефиса, а затем при совпадении закрывающей скобки. В первый раз year назначается, в вашем примере, 2009. Но затем цикл продолжает работать, и через несколько итераций вы пытаетесь проанализировать "2005-2009", что приводит к исключению NumberFormatException.

Самое простое решение — break; выполнить цикл сразу после присвоения года, чтобы year присваивалось только один раз. Тем не менее, предположим, что вы хотите получить начальное значение интервала.

Более чистым решением было бы вообще избегать цикла и вместо этого разумно использовать String.indexOf. Что-то вроде этого (отказ от ответственности: не проверено).

String title;
int year;

while((line = bufferedReader.readLine()) != null) {

    title = line.substring(0, line.indexOf('('));

    int yearStart = line.indexOf('(') + 1;
    int yearEnd;
    if (line.indexOf('-', yearStart) > 0 ) {
        yearEnd = line.indexOf('-', yearStart);
    } else {
        yearEnd = line.indexOf('(', yearEnd);
    }

    int yr = line.substring(yearStart,i);
    year = Integer.parseInt(yr);

    System.out.println(year);
}

Наконец, более профессиональное решение будет использовать регулярные выражения. быть знакомым с этим, и поэтому я попытался дать ответ, который следует структуре, аналогичной вашей.