Векторизовать этот цикл поиска

Если вы не хотите использовать цикл for, вы можете сделать следующее:

 result = cellfun(@(row) strfind(row, needle), num2cell(haystack, 2), 'UniformOutput', 0);

Можно объединить всю переменную haystack, а затем найти в ней needle следующим образом:

totalWhiteSpaces=isspace(haystack); %finds white space locations
totalWhiteSpaces=sum(totalWhiteSpaces(1,:),2); %Assumes that "haystack" has equal number 
                                     %of characters (including whitespaces) in each row.

realColumns=size(haystack,2)-totalWhiteSpaces; %gets how many characters are 
                                               %there in a row excluding whitespaces
needle(needle==' ')='';
haystack1=haystack';
haystack2=(haystack1(:))';
haystack2(haystack2==' ')='';  %removes whitespace
result=strfind(haystack2,needle);  %find the pattern
rowsOfResult=uint32(result/realColumns)+1; %necessary since we had concatenated the array.
                                          %It is kind of reshaping operation.
resultValue=mod(result,realColumns);

Я думаю, вы можете сформировать свою окончательную матрицу отсюда.

Результаты по времени: Вы можете увидеть преимущество этого кода, когда ваш haystack станет больше. Согласно моим экспериментам, для размера 300000x9 ваш код занимает около 0,38 секунды. Мой код занимает около 0,23 секунды, а код с использованием cellfun занимает 2,23 секунды. Я думаю, это из-за операции num2cell. Кроме того, cellfun использует for-loop внутри, поэтому он не является действительно векторизованным.

Если у вас все в порядке с поиском номеров столбцов с соответствующими номерами строк в другом векторе, как предложил Луис, вы также можете использовать это -

%// Main portion
haystack_t = haystack';
num1 = strfind(num2str(haystack_t(:))',num2str(needle(:))');
col = rem(num1,size(haystack,2));
ind = floor(num1/size(haystack,2))+1;

%// We need to remove indices that get into account because of concatenation of all the numbers into one big string
rm_ind = col> (size(haystack,2) - numel(needle))+1;
col(rm_ind)=[];
ind(rm_ind)=[];

Работает с различными входами иглы -

RUN1 (Original values):
needle =
     1     2     3
haystack =
     0     0     1     2     3     0     1     2     3
     0     1     2     3     0     1     2     3     0
     0     0     0     1     2     3     0     0     0
col =
     3     7     2     6     4
ind =
     1     1     2     2     3

RUN2 :
needle =
     1     2     3     0     1
haystack =
     0     0     1     2     3     0     1     2     3
     0     1     2     3     0     1     2     3     0
     0     0     0     1     2     3     0     0     0
col =
     3     2
ind =
     1     2

Если вы можете принять результат в другом формате (более подходящем для векторизации):

[m n] = size(haystack);
haystackLin = haystack.';
haystackLin = haystackLin(:).'; %// linearize haystack row-wise
ind = strfind(haystackLin,needle); %// find matches
[jj ii] = ind2sub([n m],ind); %// convert to row and column
valid = jj<=n-numel(needle)+1; %// remove false matches (spanning several rows)
result = [ii(valid).' jj(valid).'];

Формат результата

result =

     1     3
     1     7
     2     2
     2     6
     3     4