Печать p-значений с ‹0,001

Интересно, как поставить символ <0.001, если p-значение меньше, чем 0.001 для использования в Sweave.

ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)
summary(lm.D9)$coef

           Estimate Std. Error  t value     Pr(>|t|)
(Intercept)   4.8465  0.1557174 31.12368 4.185248e-17
group1       -0.1855  0.1557174 -1.19126 2.490232e-01

Желаемый результат

           Estimate Std. Error  t value     Pr(>|t|)
(Intercept)   4.8465  0.1557174 31.12368   <0.001
group1       -0.1855  0.1557174 -1.19126    0.249

r knitr latex sweave rnw
person MYaseen208    schedule 11.04.2014    source источник
comment
Спасибо @rawr за ваш полезный комментарий. Вы хотите изменить свой комментарий, чтобы ответить. Спасибо   -  person MYaseen208    schedule 11.04.2014

Ответы (1)


arrow_upward
14
arrow_downward

Я использую две основные функции: format.pval и эту, которую я скопировал из gforge и настроил.

ctl <- c(4.17,5.58,5.18,6.11,4.50,4.61,5.17,4.53,5.33,5.14)
trt <- c(4.81,4.17,4.41,3.59,5.87,3.83,6.03,4.89,4.32,4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl","Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm.D9 <- lm(weight ~ group)
tmp <- data.frame(summary(lm.D9)$coef)
tmp <- setNames(tmp, colnames(summary(lm.D9)$coef))
tmp[ , 4] <- format.pval(tmp[ , 4], eps = .001, digits = 2)

tmp
#             Estimate Std. Error  t value Pr(>|t|)
# (Intercept)    5.032  0.2202177 22.85012   <0.001
# groupTrt      -0.371  0.3114349 -1.19126     0.25

Мне нравится этот, потому что он удаляет точность из pvalues> .1 (или любого другого порога, который вам нравится, если вы хотите что-то другое, то есть, независимо от digits, он сохраняет только два десятичных знака, если значения > .1), оставляет нули в конце (см. пример ниже) и добавляет ‹, как вы хотите, для некоторого уровня точности (здесь 0,001).

pvalr <- function(pvals, sig.limit = .001, digits = 3, html = FALSE) {

  roundr <- function(x, digits = 1) {
    res <- sprintf(paste0('%.', digits, 'f'), x)
    zzz <- paste0('0.', paste(rep('0', digits), collapse = ''))
    res[res == paste0('-', zzz)] <- zzz
    res
  }

  sapply(pvals, function(x, sig.limit) {
    if (x < sig.limit)
      if (html)
        return(sprintf('&lt; %s', format(sig.limit))) else
          return(sprintf('< %s', format(sig.limit)))
    if (x > .1)
      return(roundr(x, digits = 2)) else
        return(roundr(x, digits = digits))
  }, sig.limit = sig.limit)
}

И примеры:

pvals <- c(.133213, .06023, .004233, .000000134234)
pvalr(pvals, digits = 3)
# [1] "0.13"    "0.060"   "0.004"   "< 0.001"
person rawr    schedule 11.04.2014