Как сделать дендрограмму в стиле кластера в боке

Я хочу сделать дендрограмму в стиле кластера в боке. Мне нравится этот пример точечного боке, но я хочу сделать линии извилистыми и показать структуру кластера следующим образом: http://bl.ocks.org/mbostock/4063570

вот код точечной диаграммы из примера боке:

import numpy as np
from bokeh.plotting import *
from bokeh.objects import Range1d

N = 4000

factors = ["a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h"]
x0 = [0,0,0,0,0,0,0,0]
x =  [50, 40, 65, 10, 25, 37, 80, 60]

output_file("categorical.html", title="categorical.py example")

hold()

segment(x0, factors, x, factors, y_range=factors, x_range=Range1d(start=0, end=100), 
        line_width=2, line_color="green", tools="resize,previewsave", title="Dot Plot")
circle(x, factors, size=15, fill_color="orange", line_color="green", line_width=3, Name="categorical example")

figure()

show()  # open a browser

вот вывод точечной диаграммы боке

Любое предложение о том, как сделать линии изогнутыми и показать отношение кластеризации, как в дендрограмме. Этот рисунок показан только для того, чтобы показать идею прямой линии с точкой. фактическая цель - показать отношение кластеризации всех линий, исходящих из одной точки.


person sb32134    schedule 10.05.2014    source источник


Ответы (2)


Это не невозможно для рендеринга в Боке (начиная с версии 0.4.4), но пока нет встроенной поддержки, помогающей с графиками и компоновкой графиков. Вам нужно будет вычислить или использовать библиотеку для вычисления точек линии для краев и т. д., а затем передать их в Боке. Поддержка Graph включена в нашу дорожную карту, но, вероятно, она появится только в конце этого года, если только нам не выпадет полный PR.

person bigreddot    schedule 11.05.2014
comment
Не могли бы вы предложить мне какую-нибудь графическую библиотеку, которую я могу использовать для этого, а затем попытаться сделать это с боке. любая быстрая библиотека графа python для этого? если не сложно, то попробую. - person sb32134; 11.05.2014

Тем временем (четыре года спустя, 2018-08) мы запускаем Bokeh 0.13.0. Поскольку приведенный выше ответ не очень удовлетворителен, я хотел бы указать вам на две реализации дендрограммы на основе боке.

Реализация дендрограммы боке на основе количественных данных Даниэля Руссо: ://russodanielp.github.io/plotting-a-heatmap-with-a-dendrogram-using-bokeh.html

cdendro, реализация дендрограммы боке на основе категориальных данных библиотеки bokehheat: https://gitlab.com/biotransistor/bokehheat

person bue    schedule 29.08.2018