Как получить доступ ко всем командам на сервере при использовании Bukkit API?

Вы можете перебрать все HelpTopic, а затем поместить их имена в список:

// create the List to store command names into
List<String> commandNames = new ArrayList<String>();  

// loop through all of the helpTopics, a list of all commands displayed 
// in /help (therefore all of the commands)
for(HelpTopic cmd : plugin.getServer().getHelpMap().getHelpTopics()){
    commandNames.add(cmd.getName());//add the name of the command to the Array
}

Скорее всего, вы захотите подождать, пока не будут включены все остальные плагины, прежде чем делать это.

Вы можете работать с PlayerCommandPreprocessEvent и ServerCommandEvent.

// PlayerCommandPreprocessEvent
if (event.getMessage().toLowerCase().startsWith("/help")) {
    // Player issued: /help
}
// ServerCommandEvent
if (event.getCommand().toLowerCase().startsWith("help")) {
    // Console issued: help 
}