Изменение шрифта элемента меню поля со списком в fxml

Для JavaFX2 вы можете создать CellFactory, чтобы установить его:

import javafx.application.Application;
import javafx.collections.FXCollections;
import javafx.scene.Scene;
import javafx.scene.control.ComboBox;
import javafx.scene.control.ListCell;
import javafx.scene.control.ListView;
import javafx.scene.layout.Pane;
import javafx.stage.Stage;
import javafx.util.Callback;

public class Main extends Application {

    @Override
    public void start(Stage stage) throws Exception {
        ComboBox<String> cb = new ComboBox<String>();
        cb.setItems(FXCollections.observableArrayList("Foo","Bar","777","Batman"));
        cb.setCellFactory(new Callback<ListView<String>, ListCell<String>>() {
            @Override public ListCell<String> call(ListView<String> p) {
                return new ListCell<String>() {
                    {
                        getStyleClass().add("customcell");
                    }
                    @Override
                    protected void updateItem(String item, boolean empty) {
                        super.updateItem(item, empty);
                        setText(item);
                    }
                };
            }
        });
        cb.getSelectionModel().selectFirst();
        Pane root = new Pane();
        root.getChildren().add(cb);
        Scene scene = new Scene(root);
        scene.getStylesheets().add(getClass().getResource("style.css").toExternalForm());
        stage.setScene(scene);
        stage.show();
    }
    public static void main(String[] args) {launch(args);}
}

style.css

/* for the main button of the ComboBox  */
.combo-box .cell{
    -fx-text-fill: blue;
    -fx-font: 16px "Arial";
}
.customcell {
    -fx-text-fill: blue;
    -fx-font: 16px "Arial";
    /* No alternate highlighting */
    -fx-background-color: #FFF;
}

Для примера JavaFX 8 проверьте этот ответ, который я дал на очень похожий вопрос, но для другой версии.