Как поместить мой набор данных в файл .pkl в точном формате и структуре данных, используемых в mnist.pkl.gz?

Я пытаюсь использовать библиотеку Theano в python для экспериментов с Deep Belief Networks. Я использую код по этому адресу: полный код DBN. Этот код использует рукописную базу данных MNIST. Этот файл уже в формате рассола. Он не выбран в:

  • train_set
  • valid_set
  • test_set

Который далее распаковывается в:

  • train_set_x, train_set_y = train_set
  • действительный_набор_х, действительный_набор_у = действительный_набор
  • test_set_x, test_set_y = test_set

Пожалуйста, может ли кто-нибудь дать мне код, который строит этот набор данных, чтобы создать свой собственный? Пример DBN, который я использую, требует данных в этом формате, и я не знаю, как это сделать. если у кого-то есть идеи, как это исправить, подскажите.

Вот мой код:

from datetime import datetime
import time
import os
from pprint import pprint
import numpy as np
import gzip, cPickle
import theano.tensor as T
from theano import function


os.system("cls")

filename = "completeData.txt"


f = open(filename,"r")
X = []
Y = []

for line in f:
        line = line.strip('\n')  
        b = line.split(';')
        b[0] = float(b[0])
        b[1] = float(b[1])
        b[2] = float(b[2])
        b[3] = float(b[3])
        b[4] = float(b[4])
        b[5] = float(b[5])
        b[6] = float(b[6])
        b[7] = float(b[7])
        b[8] = float(b[8])
        b[9] = float(b[9])
        b[10] = float(b[10])
        b[11] = float(b[11])
        b[12] = float(b[12])
        b[13] = float(b[13])
        b[14] = float(b[14])
        b[15] = float(b[15])
        b[17] = int(b[17])
        X.append(b[:16])
        Y.append(b[17])

Len = len(X);
X = np.asmatrix(X)
Y = np.asarray(Y)

sizes = [0.8, 0.1, 0.1]
arr_index = int(sizes[0]*Len)
arr_index2_start = arr_index + 1
arr_index2_end = arr_index + int(sizes[1]*Len)
arr_index3_start = arr_index2_start + 1

"""
train_set_x = np.array(X[:arr_index])
train_set_y = np.array(Y[:arr_index])

val_set_x = np.array(X[arr_index2_start:arr_index2_end])
val_set_y = np.array(Y[arr_index2_start:arr_index2_end])

test_set_x = np.array(X[arr_index3_start:])
test_set_y = np.array(X[arr_index3_start:])

train_set = train_set_x, train_set_y
val_set = val_set_x, val_set_y
test_set = test_set_x, test_set_y
"""
x = T.dmatrix('x')
z = x
t_mat = function([x],z)

y = T.dvector('y')
k = y
t_vec = function([y],k)

train_set_x = t_mat(X[:arr_index].T)
train_set_y = t_vec(Y[:arr_index])
val_set_x = t_mat(X[arr_index2_start:arr_index2_end].T)
val_set_y = t_vec(Y[arr_index2_start:arr_index2_end])
test_set_x = t_mat(X[arr_index3_start:].T)
test_set_y = t_vec(Y[arr_index3_start:])

train_set = train_set_x, train_set_y
val_set = val_set_x, val_set_y
test_set = test_set_x, test_set_y

dataset = [train_set, val_set, test_set]

f = gzip.open('..\..\..\data\dex.pkl.gz','wb')
cPickle.dump(dataset, f, protocol=-1)
f.close()

pprint(train_set_x.shape)

print('Finished\n')

person John Krit    schedule 29.09.2014    source источник
comment
Вы можете просто реализовать Python на основе приведенного ниже описания.   -  person anh_ng8    schedule 07.10.2014


Ответы (3)


Файл .pkl не требуется для адаптации кода из учебника Theano к вашим собственным данным. Вам нужно только имитировать их структуру данных.

Быстрая починка

Найдите следующие строки. Это строка 303 на DBN.py.

datasets = load_data(dataset)
train_set_x, train_set_y = datasets[0]

Замените своими train_set_x и train_set_y.

my_x = []
my_y = []
with open('path_to_file', 'r') as f:
    for line in f:
        my_list = line.split(' ') # replace with your own separator instead
        my_x.append(my_list[1:-1]) # omitting identifier in [0] and target in [-1]
        my_y.append(my_list[-1])
train_set_x = theano.shared(numpy.array(my_x, dtype='float64'))
train_set_y = theano.shared(numpy.array(my_y, dtype='float64'))

Адаптируйте это к вашим входным данным и коду, который вы используете.

То же самое работает для cA.py, dA.py и SdA.py, но они используют только train_set_x.

Ищите такие места, как n_ins=28 * 28, где размер изображения mnist жестко запрограммирован. Замените 28 * 28 на свое количество столбцов.

Объяснение

Здесь вы помещаете свои данные в формат, с которым Theano может работать.

train_set_x = theano.shared(numpy.array(my_x, dtype='float64'))
train_set_y = theano.shared(numpy.array(my_y, dtype='float64'))

shared() превращает массив numpy в формат Theano, разработанный для эффективности на графических процессорах.

dtype='float64' ожидается в массивах Theano.

Подробнее об базовых функциях тензора.

.pkl-файл

Файл .pkl — это способ сохранить вашу структуру данных.

Вы можете создать свой собственный.

import cPickle
f = file('my_data.pkl', 'wb')
    cPickle.dump((train_set_x, train_set_y), f, protocol=cPickle.HIGHEST_PROTOCOL)
f.close()

Подробнее о загрузке и сохранении.

person xagg    schedule 06.08.2015

Замаринованный файл представляет собой кортеж из 3 списков: набор для обучения, набор для проверки и набор для тестирования. (поезд, вал, тест)

  • Каждый из трех списков представляет собой пару, состоящую из списка изображений и списка меток классов для каждого из изображений.
  • Изображение представлено в виде одномерного массива из 784 (28 x 28) значений с плавающей запятой от 0 до 1 (0 означает черный, 1 — белый).
  • Метки представляют собой числа от 0 до 9, указывающие, какую цифру представляет изображение.
person anh_ng8    schedule 07.10.2014

Это может помочь:

from PIL import Image
from numpy import genfromtxt
import gzip, cPickle
from glob import glob
import numpy as np
import pandas as pd
Data, y = dir_to_dataset("trainMNISTForm\\*.BMP","trainLabels.csv")
# Data and labels are read 

train_set_x = Data[:2093]
val_set_x = Data[2094:4187]
test_set_x = Data[4188:6281]
train_set_y = y[:2093]
val_set_y = y[2094:4187]
test_set_y = y[4188:6281]
# Divided dataset into 3 parts. I had 6281 images.

train_set = train_set_x, train_set_y
val_set = val_set_x, val_set_y
test_set = test_set_x, val_set_y

dataset = [train_set, val_set, test_set]

f = gzip.open('file.pkl.gz','wb')
cPickle.dump(dataset, f, protocol=2)
f.close()

Это функция, которую я использовал. Может измениться в соответствии с данными вашего файла.

def dir_to_dataset(glob_files, loc_train_labels=""):
    print("Gonna process:\n\t %s"%glob_files)
    dataset = []
    for file_count, file_name in enumerate( sorted(glob(glob_files),key=len) ):
        image = Image.open(file_name)
        img = Image.open(file_name).convert('LA') #tograyscale
        pixels = [f[0] for f in list(img.getdata())]
        dataset.append(pixels)
        if file_count % 1000 == 0:
            print("\t %s files processed"%file_count)
    # outfile = glob_files+"out"
    # np.save(outfile, dataset)
    if len(loc_train_labels) > 0:
        df = pd.read_csv(loc_train_labels)
        return np.array(dataset), np.array(df["Class"])
    else:
        return np.array(dataset)
person sinhayash    schedule 23.12.2014