Точки меняют размеры на ggplot geom_point и без легенды?

Проблема в том, что в коде, где вы добавляете города, вы поместили size внутри aes. Поэтому он также трансформируется, когда вы вызываете scale_size(name='Sharks per line', range = c(5,9)). Просто используйте size вне aes:

gg <- gg + geom_point(aes(x=-78.981885, y=-8.229354), size=3) +
  annotate("text", label='Salaverry', size=4, x=-77.2, y=-8.229354) +
  geom_point(aes(x=-71.345838, y=-17.644347), size=3) +
  annotate("text", x=-70.545838, y=-17.644347, label = 'Ilo', size=4) +
  geom_point(aes(x=-77.142375, y=-12.047544), size=3) +
  annotate("text", x=-75.9, y=-12.047544, label = 'Callao', size=4) +
  geom_point(aes(x=-78.610677, y=-9.074166), size=3) +
  annotate("text", x=-76.9, y=-9.074166, label = 'Chimbote', size=4)

В дополнение к ответу @shadow я хотел бы оставить следующее для OP в качестве дополнительной информации. Это исходит из чата с ОП. Если вы хотите избежать использования annotate, вы можете использовать geocode в пакете ggmap. Здесь я добавил кое-что из своего ответа на предыдущий вопрос ОП и объединил/изменил код ОП. Одно изменение заключается в том, что я использовал alpha, чтобы вы могли видеть красные/розовые точки в океане. Следует отметить, что расположение названий городов не идеально; чем дальше на юг вы спускаетесь по карте, тем больше вы видите пробелов между точками и названиями городов. Это может быть связано с проекцией карты. Согласно Wiki, googlemap использует что-то близкое к marcator, но не совсем то же самое. Это может быть причиной. Некоторые эксперты по ГИС могли бы предоставить больше информации.

library(ggmap)
library(mapdata)
library(ggplot2)

# Get Peru map
Peru <- get_map(location = "Peru", zoom = 5, maptype="satellite") 

# This is the layer I wish to put over the top
coast_map <- fortify(map("worldHires", fill = TRUE, plot = FALSE)) 

# Subset data for Peru
peru.coast <- subset(coast_map, region == "Peru")

### Get lon and lat using geocode() in the ggmap package and crate a data frame
cities <- c("Salaverry", "Chimbote", "Callao", "Ilo")
locations <- geocode(cities)
locations$city <- cities
locations2 <- transform(locations, lon2 = lon + 1.1) # This is for text position


ggmap(Peru) +
geom_map(data = peru.coast, map = peru.coast, aes(x = long, y = lat, map_id = region),
         fill="gray", color="black") +
geom_point(data = locations2, aes(x = lon, y = lat, color = city), size = 4) +
geom_text(data = locations2, aes(x = lon2, y = lat, label = city), size = 3) +
scale_color_manual(values = rep(c("black"), times = 4)) + 
geom_point(data = newdata, aes(Set.Lon, Set.Lat, size = n), colour = "red", alpha = 0.5) +
scale_size(name = "Sharks per line", range = c(5,9)) +
xlim(-86, -70) +
ylim(-20, -4) + 
labs(x = "Longitude", y = "Latitude") +
coord_map("mercator") +
guides(colour=FALSE) +
theme(legend.key=element_rect(fill = NA))