Java читает из одного файла и записывает в другой файл с помощью методов

Вы можете записать в другой файл, используя: outputStream.write(). И когда вы закончите, просто outputStream.flush() и outputStream.close().

Редактировать:

public void readAndWriteFromfile() throws IOException {
    BufferedReader inputStream = new BufferedReader(new FileReader(
            "original.txt"));
     File UIFile = new File("numbers.txt");
        // if File doesnt exists, then create it
        if (!UIFile.exists()) {
            UIFile.createNewFile();
        }
    FileWriter filewriter = new FileWriter(UIFile.getAbsoluteFile());
    BufferedWriter outputStream= new BufferedWriter(filewriter);
    String count;
    while ((count = inputStream.readLine()) != null) {
        outputStream.write(count);
    }
    outputStream.flush();
    outputStream.close();
    inputStream.close();

Вот мой способ копирования файлов:

BufferedReader br = null;
BufferedWriter bw = null;

try {
    br = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(new File("origin.txt"))));
    bw = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(new File("target.txt"))));

    int i;
    do {
        i = br.read();
        if (i != -1) {
            bw.write(i);
        }
    } while (i != -1);

} catch (IOException e) {
    System.err.println("error during copying: "+ e.getMessage());
} finally {
    try {
        if (br != null) br.close();
        if (bw != null) bw.close();
    } catch (IOException e) {
        System.err.println("error during closing: "+ e.getMessage());
    }
}

Я бы использовал BufferedReader, обертывающий FileReader, и BufferedWriter, обертывающий FileWriter.

Поскольку вы хотите сделать это, используя два разных метода, вы должны хранить данные в List<String> data, чтобы передавать их между методами.

public class ReadnWrite {

    public static List<String> readFile() throws IOException {
        try(BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader("original.txt"))){
            List<String> listOfData = new ArrayList<>();
            String d;
            while((d = br.readLine()) != null){
                listOfData.add(d);
            }
            return listOfData;
        }
    }

    public static void writeFile(List<String> listOfData) throws IOException{
        try(BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter("numbers.txt"))){
            for(String str: listOfData){
                bw.write(str);
                bw.newLine();
            }
        }
    }

    public static void main(String[] args) throws IOException {
        List<String> data = readFile();
        writeFile(data);
    }
}

В качестве альтернативы, если вам не нужно выполнять операции с данными между чтением и записью, я бы также сделал это одним методом.

public class CopyFileBufferedRW {

    public static void main(String[] args) {
        File originalFile = new File("original.txt");
        File newFile = new File(originalFile.getParent(), "numbers.txt");

        try (BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(originalFile));
             BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(newFile))) {
            String s;
            while ((s = br.readLine()) != null) {
                bw.write(s);
                bw.newLine();
            }
        } catch (IOException e) {
            System.err.println("error during copying: " + e.getMessage());
        }
    }
}