Перенос приложения C++ из Windows в GNU/Linux.

Как заметил @pmr, вы действительно ищете систему сборки. Хотя традиционно использовались GNU Autotools (Automake, Autoconf и т. д.), с этими инструментами связано много проблем, и они требуют невероятно крутой кривой обучения. Вместо этого я настоятельно рекомендую вам использовать CMake. CMake является чем-то вроде метасистемы сборки, поскольку CMake генерирует проекты для различных систем сборки, используя описание проекта CMake; CMake по умолчанию создает проект Makefile из описания своего проекта, но он также может создавать проекты для Visual Studio, Xcode, KDevelop и других. Вы можете найти шаблон проекта приложения C++ и Шаблон проекта библиотеки C++ полезен в качестве примера использования системы сборки CMake. Учебники и другие вводные материалы по CMake можно найти на CMake Wiki, а Справочное руководство по CMake содержит подробные инструкции для всех различных команд, используемых CMake. поддерживает (вы, вероятно, обнаружите, что ADD_EXECUTABLE, ADD_LIBRARY, TARGET_LINK_LIBRARIES, INCLUDE_DIRECTORIES и LINK_DIRECTORIES являются наиболее полезными из доступных команд). Кроме того, хотя я настоятельно рекомендую вам использовать CMake вместо Make, вы можете найти мои руководство по Makefile полезно, если вы решите использовать Make.

По сути, вы спрашиваете: что такое хорошая система сборки для GNU/Linux. На эту проблему нет однозначного ответа. Make + autoconf — это стандартный способ ведения дел, но вы могли бы быть счастливее с cmake, преимуществом которого является кроссплатформенность.