прогнозировать lme4 для ответа типа (двоичный выбор) Доверительные интервалы

Я провел логистическую регрессию со смешанными эффектами с lme4 (type = "response"). Теперь я использовал функцию прогнозирования и хотел также определить доверительные интервалы.

Я нашел этот код (http://glmm.wikidot.com/faq) для прогнозов, он работает, но CI не подходят для двоичных ответов (мои прогнозы находятся между 0 и 1, а внезапно CI между -3 и 3. Кто-нибудь знает, где это настроить?

library(lme4)
library(ggplot2) # Plotting
fm1<- glmer(choice~rating + indi + rating*indi + (1|ID),data=z,family="binomial")
newdat<-data.frame(indi=factor(c(1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,2,2)), 
rating=factor(1:6), ID=factor(rep(c(1:30), each=12)), choice=0)
newdat$prob<-predict(fm1,newdata=newdat, re.form=NULL, type="response")

mm <- model.matrix(terms(fm1),newdat)
newdat$choice<- predict(fm1,newdat)
## or newdat$choice<- mm %*% fixef(fm1)
pvar1 <- diag(mm %*% tcrossprod(vcov(fm1),mm))
tvar1 <- pvar1+VarCorr(fm1)$ID[1]  ## must be adapted        
tvar1 <- 
  newdat <- data.frame(
   newdat
   , plo = newdat$choice-2*sqrt(pvar1)
, phi = newdat$choice+2*sqrt(pvar1)
, tlo = newdat$choice-2*sqrt(tvar1)
, thi = newdat$choice+2*sqrt(tvar1)
)
#plot confidence
g0 <- ggplot(newdat, aes(x=rating, y=choice, colour=indi))+geom_point()
g0 + geom_errorbar(aes(ymin = plo, ymax = phi))+
opts(title="CI based on fixed-effects uncertainty ONLY")
#plot prediction
g0 + geom_errorbar(aes(ymin = tlo, ymax = thi))+
opts(title="CI based on FE uncertainty + RE variance")

Большое спасибо!


r confidence-interval lme4
person LaNeu    schedule 17.03.2015    source источник
comment
Я не вижу в вашем коде логистической регрессии.   -  person Roland    schedule 17.03.2015
comment
извините, я изменю код согласно моей парадигме   -  person LaNeu    schedule 17.03.2015

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Вам необходимо использовать функцию обратной ссылки, plogis() в этом случае:

 newdat <- transform(newdat,
        plo = plogis(plo),
        phi = plogis(phi),
        tlo = plogis(tlo),
        thi = plogis(thi))

В более общем плане, если вы установили модель gm1, функция обратной связи будет сохранена в gm1@resp$family$linkinv (хотя работа с внутренними компонентами объекта, подобного этому, не гарантирует совместимости с будущими версиями).

person Ben Bolker    schedule 17.03.2015