Классы S4: аргументы, переданные в new (), не попадают в их слоты

initialize() имеет двойное назначение - инициализация и копирование. Обычно лучше (также более информативно для пользователя) предоставить явный конструктор

.A = setClass("A", representation(x="numeric"))

A = function(x=numeric(), ...)
    .A(x=x, ...)

validOjbect() вызывается методом инициализации по умолчанию, когда создание объекта связано с назначением слота, поэтому нет необходимости вызывать его явно во время вашего собственного метода инициализации (см. Ниже); может быть, у тебя было бы

.A = setClass("A", representation(x="numeric"),
    prototype=prototype(x=NA_integer_))

setValidity("A", function(object) {
    if (length(object@x) != 1L)
        "'x' must be length 1"
    else TRUE
})

A = function(x=NA_integer_, ...)
    ## signature is informative -- 'x' is integer(1), not just '...'
    ## coercion (e.g., as.integer(), below) and other set-up
    new("A", x=as.integer(x), ...)

с участием

> A()
An object of class "A"
Slot "x":
[1] NA

> A(x=1)
An object of class "A"
Slot "x":
[1] 1

> A(x=1:2)
Error in validObject(.Object) : 
  invalid class "A" object: 'x' must be length 1

Важное предостережение заключается в том, что метод проверки действительности не вызывается при отсутствии инициализированных пользователем слотов, поэтому для создания действительного объекта необходимо определить prototype() (проверьте это с помощью validObject(new("A")).

На ваш вопрос, функция валидности - это правильное место для «проверки других ошибок». Очень сложно написать правильный метод инициализации, но что-то более правильное - это

.B = setClass("B",
    representation(x="numeric", y="numeric"),
    prototype=prototype(x=NA_integer_, y=NA_real_))
setMethod("initialize", "B", 
    function(.Object, ..., x=.Object@x, y=.Object@y)
{
    ## pre-processing, then invoke 'next' initialize() method
    ## base initialize() creates the object then calls validObject()
    ## so no need for explicit test of validity
    .Object <- callNextMethod(.Object, ..., x=x, y=y)
    ## post-processing
    .Object
})

Такая странная конструкция позволяет initialize() продолжать вести себя как конструктор копирования.

> b = new("B", x=1, y=2)    # constructor
> initialize(b, x=2)        # copy-constructor
An object of class "B"
Slot "x":
[1] 2

Slot "y":
[1] 2

что важно при наследовании классов. Но, как видите, это довольно сложно - в конце концов, это действительно сложно и редко стоит усилий, чтобы получить initialize() правильный ответ.

Обратите внимание, что мы не полностью выполнили договор initialize(),

setClass("C", representation(x="numeric", y="numeric"))  # default initialize()

который фактически действует как конструктор копирования при вызове с new()

> c = new("C", x=1, y=2)
> new("C", c, x=2)
An object of class "C"
Slot "x":
[1] 2

Slot "y":
[1] 2

по сравнению с отсутствием копирующей конструкции для реализации B

> b = new("B", x=1, y=2)
> new("B", b, x=2)
An object of class "B"
Slot "x":
[1] 2

Slot "y":
[1] NA