R не видит файл, который существует на диске

Я пытаюсь прочитать файл в R, который находится на моем диске - list.files функция видит его, но file.exists и read.table нет ...

Что может быть причиной того, что R не видит некоторые файлы и, как следствие, не может их прочитать?

Код и ошибки ниже:

> list.files(x)
[1] "ACC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt"
[2] "MANIFEST.txt"                                                                                
> list.files(x)[1]
[1] "ACC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt"
> file.exists(paste0(x,list.files(x)[1]))
[1] FALSE
> x
[1] "D:/GitHub/RTCGA.data/RTCGA.rnaseq/data2/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2015060100.0.0/"
> read.table(paste0(x,list.files(x)[1])) -> y
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'D:/GitHub/RTCGA.data/RTCGA.rnaseq/data2/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2015060100.0.0/ACC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt': No such file or directory

r read.table
person Marcin Kosiński    schedule 22.07.2015    source источник
comment
То, что вы можете читать каталог, не означает, что вы можете открыть файл. Вы перешли к файлу и определили разрешения? Убедитесь, что всем разрешено читать и писать   -  person FirebladeDan    schedule 23.07.2015
comment
Вы в Linux? Возможно изменить права доступа к файлу: sudo chmod 755 ACC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt   -  person Michal    schedule 23.07.2015
comment
Спасибо за ответ. Ты прав. А что насчет того, что file.exists возвращает FALSE? Может быть, дело в том, что файлы каким-то образом находятся в другой ветке, чем я сейчас работаю, но почему тогда файлы списков работают?   -  person Marcin Kosiński    schedule 23.07.2015
comment
Работаем над окнами.   -  person Marcin Kosiński    schedule 23.07.2015
comment
Не обязательно. Даю полные каталоги.   -  person Marcin Kosiński    schedule 23.07.2015

Ответы (1)


arrow_upward
4
arrow_downward

В Windows есть некоторые API-интерфейсы, длина которых ограничена 255 символами. Например. См. Установлено ли в Windows 7 ограничение пути к файлу в 255 символов?

Общая длина вашего пути составляет 269 символов. Я бы подумал, что в этом проблема. Я бы переименовал папку, файл или и то, и другое. Или, я думаю, вы можете сменить ОС, но это будет труднее! (Обратите внимание, что я использую Windows в качестве основной ОС по своему выбору, но иногда я нахожу некоторые из ее ограничений разочаровывающими, особенно для кроссплатформенных инструментов, таких как R.)

person Nick Kennedy    schedule 22.07.2015