Как добавить сообщение подтверждения удаления строки на handsontable

Да. В документации есть beforeRemoveRow, который можно использовать для вызова функция перед удалением строки.

Вы можете использовать его в описании таблицы:

$(document).ready(function () {

  var container = document.getElementById('basic_example');

  var data = function () {
   return Handsontable.helper.createSpreadsheetData(100, 12);
  };

  var hot = new Handsontable(container, {
    data: data(),
    height: 396,
    colHeaders: true,
    rowHeaders: true,
    stretchH: 'all',
    columnSorting: true,
    contextMenu: true,
    beforeRemoveRow: function(){return confirm("Are you sure you want to remove this row?")}
  });

});

Вот скрипта с примером.