В Netbeans есть эта вики-запись об окончании строк: http://wiki.netbeans.org/FaqEditorEOLs
Но это не очень полезно. Там просто написано, что не стоит разрабатывать на разных ОС и все...
Однако в моей ситуации у меня нет власти над этим. Я на компьютере с Windows, и приложение PHP, над которым я работаю, должно заканчиваться UNIX EOL.
Кажется, нет возможности установить это для новых файлов. Кто-нибудь может сказать мне, где это установить?