установка rgdal не удалась на ubuntu

Я использую travis для проверки своего пакета R, он основан на виртуальной машине Ubuntu. Одна из моих зависимостей — rgdal из CRAN, которую невозможно правильно установить на travis.

Сначала было сказано:

ERROR: dependencies ‘rgdal’ is not available for package ‘my package’

Делал по инструкции здесь, далее идут бесконечные зависимости, устанавливал по одной, по инструкции каждого испытания. Наконец, я установил пакеты, как показано ниже:

  libproj-dev
  libcurl4-gnutls-dev
  libdap-dev
  libgdal-dev
  libgdal1h
  libhdf5-dev
  libhdf5-serial-dev
  libgdal-dev
  libgdal1-dev

Он сказал, что мне все еще нужно установить libhdf5-7 = 1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1

Но когда я устанавливаю пакет libhdf5-7 = 1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1, выдает другую ошибку:

E: Unable to locate package 
E: Unable to locate package 1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1
E: Couldn't find any package by regex '1.8.11-3ubuntu1~precise1~ppa1'

И, похоже, больше нет решений.

Интересно, как это исправить на Тревисе? Это распространенная проблема только на виртуальной машине travis или это может произойти на любой машине с Ubuntu? Или у пакета rgdal есть проблемы с ubuntu?`

Фон:

Вся моя установка выше использовала apt-packages travis, что travis объясняет ниже:

apt_packages: A list of packages to install via apt-get. Common examples here include entries in SystemRequirements. This option is ignored on non-linux builds

r ubuntu linux travis-ci rgdal
person rankthefirst    schedule 05.12.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

С этой недели вы можете использовать Ubuntu 14.04 на Travis:

В этом случае может быть достаточно перехода на 14.04. Если нет, обратите внимание, что вы можете подготовить свои собственные пакеты .deb. Я упоминаю об этом в блоге этим летом.

Поскольку геопространственные пакеты немного вовлечены, это, вероятно, ваш лучший вариант. Вам нужно знать, как создавать пакеты Debian и как использовать Launchpad для их автоматической сборки. Обе темы имеют множество руководств.

person Dirk Eddelbuettel    schedule 05.12.2015
comment
Большое спасибо ~ Я перешел на новую платформу ... но она по-прежнему показывает ту же информацию .... Сейчас я изучаю ваш подробный учебник по вашему посту. Лично мне просто любопытен один момент, что, как пакет R, rgdal должен автоматически инструктировать систему установить все зависимости, почему мне все еще нужно устанавливать вручную？ - person rankthefirst; 05.12.2015
comment
Затем вам нужно пересобрать проблемные пакеты, чтобы они подходили. Другого пути нет, извините. - person Dirk Eddelbuettel; 05.12.2015
comment
По состоянию на август 2016 г. вы можете указать среду Trusty (sudo: required и dist: trusty), а libhdf5-7 доступна и устанавливается. - person Phil; 09.08.2016