графики вязания: точки (geom_point(), pch=20, pch=19) не отображаются

Меня немного беспокоит поведение вязальщицы. Рабочий пример должен отображать 4 графика, каждый из которых показывает одни и те же данные, используя 2 разных метода построения графиков.

Преамбула:

\documentclass{article}

Первые два графика создаются с помощью команды plot R-base:

<<one.one,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
@
<<one.two,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=18,col='darkgray')
@

Затем выходные данные задаются (удалены):

Для того же графика с ggplot2 примеры кода:

<<two.one,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
library(ggplot2)
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
@
<<two.two,fig.width=4,fig.height=3,fil.align='center',fig.show='asis'>>=
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red',shape=3)
test3
@

И выходы (удалены):

Даже использование tikzDevice не решает проблему для меня. Проблема существует для меня с ноября прошлого года, по крайней мере, насколько я помню. Я пытался решить, читая книгу Yihui Xie, использовал примеры с его сайта, но потерпел неудачу.

Итак: кто-нибудь видел ту же проблему и придумал ее решение? Даже намек, указывающий в определенном направлении, может помочь.

Моя система:

Win 7, MikTeX2.9 (пакеты обновлены 15.01.2016), TeXstudio 2.10.6, R3.2.2 (пакеты обновлены 15.01.2016).

Редактировать:

По просьбе CL я сразу же обновил R и пакеты. Ниже вы найдете мой MWE. Проблема не отображения точек данных при использовании pch=20 ; pch=19, geom_point() сохраняется до тех пор, пока я не выбираю графическое устройство явно. При использовании tikzDevice и сохранении графиков в *.tex отображаются точки данных. Они также отображаются при указании dev='tikz' в параметрах чанка. Другие графические устройства тоже работают.

МВЕ это:

\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{tikz}
\begin{document}

\begin{verbatim}
this chunk options:

fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'
\end{verbatim}

<<one.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'>>=
library(knitr)

par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
fit<-lm(dist~speed, data=cars)
abline(fit,lwd=1,col='red')

par(mar=c(4,4,1,1),mgp=c(2,1,0),cex=0.8)
plot(cars,pch=18,col='darkgray')
fit<-lm(dist~speed, data=cars)
abline(fit,lwd=1,col='red')

library(ggplot2)
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3

test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red',shape=3)
test3
@

\begin{verbatim}
next chunk options:

three.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'
\end{verbatim}

<<three.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis'>>=
require(tikzDevice)
tikz("three.one.tex",width=4.2,height=3)
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
fit<-lm(dist~speed, data=cars)
abline(fit,lwd=1,col='red')
dev.off()

tikz("four.one.tex",width=4.2,height=3)
test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
dev.off()
@
\input{three.one.tex}

\input{four.one.tex}

\begin{verbatim}
next chunk options:

five.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis, dev='tikz'
\end{verbatim}

<<five.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis',dev='tikz'>>=
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
abline(fit,lwd=1,col='red')

test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
@

\begin{verbatim}
next chunk options:

five.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis, dev=c('png','pdf')
\end{verbatim}

<<seven.one,fig.width=4,fig.height=3,fig.align='center',fig.show='asis',dev=c('png', 'pdf')>>=
plot(cars,pch=20,col='darkgray')
abline(fit,lwd=1,col='red')

test1<-ggplot(cars,aes(x=speed,y=dist))
test2<-test1+geom_smooth(method="lm",se=FALSE,color='red',data=fit)
test3<-test2+
ggtitle("") +
geom_point(size=1,colour='red')
test3
@
\end{document}

Если эта проблема не воспроизводима, я смирюсь с этим и проигнорирую ее. Но если это воспроизводимо, мне любопытно, как может выглядеть решение.

Наряду с тестами я столкнулся с еще одной проблемой, и я обнаружил, что эта проблема была заявлена ​​по крайней мере еще одним пользователем TeX: Knitr и пакет LaTeX xcolor не кажутся лучшими друзьями.

Спасибо еще раз.

knitr против xcolor