как аутентифицировать веб-сайт с несколькими хостами shibboleth с помощью httr в R

Вы должны использовать set_cookies() для отправки файлов cookie на сервер:

library(httr)
library(rvest)
#my_email <- "xxx"
#my_password <- "yyy"
tf <- tempfile()
set_config( config( ssl_verifypeer = 0L ) )

# Get first page
p1 <- GET( "https://international.ipums.org/international-action/users/login" , verbose( info = TRUE ) )

# Post Login credentials
b2 <- list( "j_username" = my_email , "j_password" = my_password )
c2 <- c(JSESSIONID=p1$cookies[p1$cookies$domain=="#HttpOnly_live.identity.popdata.org",]$value,
           `_idp_authn_lc_key`=p1$cookies[p1$cookies$domain=="live.identity.popdata.org",]$value)
p2 <- POST(p1$url,body = b2, set_cookies(.cookies = c2), encode="form" )

# Parse hidden fields
h2 <- read_html(p2$content)
form <-  h2 %>% html_form() 

# Post hidden fields
b3 <- list( "RelayState"=form[[1]]$fields[[1]]$value, "SAMLResponse"=form[[1]]$fields[[2]]$value)
c3 <- c(JSESSIONID=p1$cookies[p1$cookies$domain=="#HttpOnly_live.identity.popdata.org",]$value,
           `_idp_session`=p2$cookies[p2$cookies$name=="_idp_session",]$value,
           `_idp_authn_lc_key`=p2$cookies[p2$cookies$name=="_idp_authn_lc_key",]$value)
p3 <- POST( form[[1]]$url , body=b3, set_cookies(.cookies = c3), encode = "form")

# Get interesting page
c4 <- c(JSESSIONID=p3$cookies[p1$cookies$domain=="international.ipums.org" && p3$cookies$name=="JSESSIONID",]$value,
           `_idp_session`=p3$cookies[p3$cookies$name=="_idp_session",]$value,
           `_idp_authn_lc_key`=p3$cookies[p3$cookies$name=="_idp_authn_lc_key",]$value)
p4 <- GET( "https://international.ipums.org/international-action/menu", set_cookies(.cookies = c4) )
writeBin(p4$content , tf )
readLines( tf )[55]

Так как результат

[1] "    <li class=\"lastItem\"><a href=\"/international-action/users/logout\">Logout</a></li>"

Я думаю, вы вошли в систему...

@HubertL сделал много шагов в правильном направлении, однако, я думаю, его ответ неполный.

Прежде всего, главное, на что следует обратить внимание при реализации автоматической веб-авторизации, — это файлы cookie, используемые во время «обычного» ручного рабочего процесса. Вы можете легко следить за ними с помощью инструментов разработки в любом современном браузере:

Здесь мы видим JSESSIONID и _shibsession* куки, первый содержит идентификатор сеанса JSP веб-сайта, второй, скорее всего, предназначен исключительно для авторизации шибболета. Сервера, наверное, как-то привязаны, но JSESSIONID не требует авторизации и вы ее получаете сразу после открытия сайта. Итак, мы должны получить _shibsession* cookie для авторизации нашего JSESSIONID. Вот что такое процесс авторизации Shibboleth с множеством редиректов. Смотрите комментарии в коде.

login_ipums = function(user, password)
{
  require(httr)
  require(rvest)

  set_config( config( ssl_verifypeer = 0L ) )

  #important - httr preserves cookies on subsequent requests to the same host, we don't need that because of sessions expiration
  handle_reset("https://usa.ipums.org/")

  #set login and password
  login1 = GET( "https://usa.ipums.org/usa-action/users/login" )
  form_auth = list( "j_username" = user , "j_password" = password )

  l1_cookies=login1$cookies$value
  names(l1_cookies)=login1$cookies$name

  #receive auth tokens as html hidden fields in a form
  login2 = POST(login1$url, body = form_auth, set_cookies(.cookies=l1_cookies), encode="form")
  login2_form = read_html(login2$content) %>% html_form() 

  l2_cookies=login2$cookies$value
  names(l2_cookies)=login2$cookies$name

  #submit the form back (browser submits it back automatically with JS)
  login3 = POST(login2_form[[1]]$url, body=list(RelayState=login2_form[[1]]$fields$RelayState$value, 
                                                SAMLResponse=login2_form[[1]]$fields$SAMLResponse$value), 
                set_cookies(.cookies=l2_cookies), 
                encode="form")

  #now we have what we came for - _shibsession_* and JSESSION id cookie
  login_cookies = login3$cookies$value
  names(login_cookies)=login3$cookies$name

  return=login_cookies
}

После вызова login_ipums у нас будут следующие файлы cookie:

> cookies=login_ipums(my_email, my_password)
> names(cookies)
[1] "JSESSIONID"      
[2] "_idp_authn_lc_key"             
[3] "_shibsession_7573612e69..."

Здесь у нас есть и JSESSIONID, и _shibsession_*, используемые для авторизации на уровне сайта. _idp_authn_lc_key, наверное, не нужен, но оставить не помешает.

Теперь вы можете легко загружать такие файлы:

cookies=login_ipums(my_email, my_password)
target = GET("https://usa.ipums.org/usa-action/downloads/extract_files/usa_00001.dat.gz",
         set_cookies(.cookies=cookies),
         write_disk("file.bin", overwrite = TRUE))

ВАЖНОЕ ПРИМЕЧАНИЕ. Как видите, я использовал IPUMS USA, а не International. Чтобы проверить этот код в своей учетной записи, замените usa на international везде, включая *-action в URL-адресах.