упаковщик - не может выключить виртуальную машину

Я не уверен, как вы создали своего пользователя packer (кстати, он обычно бродит как пользователь, а не упаковщик), но пользователь не может найти команду shutdown, возможно, переменная PATH была не установлена.

shutdown обычно находится под /sbin или /usr/sbin (в зависимости от дистрибутива), поэтому, чтобы быстро решить проблему, вы сможете запустить

"shutdown_command": "echo 'packer' | sudo -S /sbin/shutdown -P now"

Если нет, проверьте, где установлено завершение работы (whereis shutdown) и замените его этим местоположением.