Организация файлов проекта php

Я новичок в веб-разработке, недавно я создал веб-приложение с Php/Mysql, и теперь я хочу разместить его на сервере, но я чувствую, что моя организация файлов плохая (очень плохая).

структура файлов моего проекта выглядит примерно так

|--XAMPP htdocs
    |--MyProject
        |--config.php
        |--functions.php
        |--header.php
        |--nav.php
        |--index.php
        |--js   
        |--css
        |--images
        |--register
            |--index.php
        |--messages
            |--inbox
                |--index.php
                |--handle_inbox.php
            |--outbox
                |--index.php
                |--handle_outbox.php
            |--trash
                |--index.php
                |--handle_trash.php
            |--uploaded_files
        |-- ...

что я могу сделать, чтобы улучшить эту структуру и сделать ее безопасной?!