Я использую Ubuntu 10.04 и Perl 5.10.1. В пакете BioPerl есть несколько хороших скриптов, таких как bp_genbank2gff3.pl, который конвертирует файлы из формата genbank в формат GFF3.
Проблема: я получаю неожиданные результаты при использовании bp_genbank2gff3.pl: свойства гена получают "Name=" вместо "locus_tag=" в последнем столбце GFF3.
Уважаемый участник списка рассылки BioPerl сказал мне, что он использует последнюю версию BioPerl из репозитория BioPerl и получает правильный результат ("locus_tag="). Я получил свежую копию, но она мне не подошла. Странный!
Действия по воссозданию ситуации:
$ cd ~/src
$ git clone http://github.com/bioperl/bioperl-live.git
$ export PERL5LIB="$HOME/src/bioperl-live:$PERL5LIB"
$ cd /tmp
$ wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/Escherichia_coli_E24377A/NC_009789.gbk
$ ~/src/bioperl-live/scripts/Bio-DB-GFF/genbank2gff3.PLS NC_009789.gbk
Ниже приведена строка № 8 из полученного GFF3:
NC_009789 GenBank gene 665 781 . - 1 ID=EcE24377A_B0001;Dbxref=GeneID:5585816;Name=EcE24377A_B0001
в то время как это та же строка из результатов моего коллеги:
NC_009789 GenBank gene 665 781 . - 1 ID=EcE24377A_B0001;Dbxref=GeneID:5585816;**locus_tag**=EcE24377A_B0001
Обратите внимание, что тег "Name=" в моей версии (в конце строки) заменен на "locus_tag=" в версии моего коллеги. Я понятия не имею, что здесь происходит... Тот же ввод, предположительно тот же скрипт, но разные результаты (вывод, который получает мой коллега, является желаемым). Мы даже diff
отредактировали идентичные сценарии (genbank2gff3.PLS
).
Любые идеи? Может ли кто-нибудь увидеть, получает ли он те же результаты, что и я или мой коллега?