Отображение многокадровых изображений dicom с использованием холста HTML5 и Javascript

Я пытаюсь отобразить многокадровые изображения dicom в браузере, используя холст HTML5 и javascript. Пока я могу нормально отображать изображения с одним кадром, но у меня возникают проблемы с изображениями с несколькими кадрами.

Для анализа файла я использую плагин DicomParser.

Когда я разбиваю данные на фрагменты (кадры) и пытаюсь отобразить их, холст просто отображает полосы шума. Вот пример рендеринга одного кадра из многокадрового изображения.

Шум, создаваемый загрузкой одного кадра из многокадрового изображения dicom

Ниже приведен код JavaScript

// CREATE A CANVAS REFERENCE
// -------------------------------------------------------------------------------------------------
var canvas = document.getElementById( 'canvas' );
canvas.with = 200;
canvas.height = 200;


// ADD A HANDLER FOR READING FILES FROM COMPUTER
// -------------------------------------------------------------------------------------------------
var dicomFile = document.getElementById( 'dicomfile' );

dicomFile.onchange = function( evt ) {
    var tgt = evt.target || window.event.srcElement,
        files = tgt.files;


// FILEREADER SUPPORT
// ---------------------------------------------------------------------------------------------
if ( FileReader && files && files.length ) {
    var fr = new FileReader(),
        extension = files[ 0 ].name.split( '.' ).pop().toLowerCase();

    // IF EXTENSION IS NOT DCM ,THEN STOP PROCESSING FURTHER AND EXIT.
    if ( extension !== 'dcm' ) {
        alert( 'please choose a Dicom file' );
        return;
    } else {

        // PARSE AND PROCESS THE DICOM FILE.
        fr.onload = function( e ) {

            var dicomArray = new Uint8Array( e.target.result ), 

                // PARSE THE DICOM FILE
                dataSet = dicomParser.parseDicom( dicomArray ),

                // GET WIDTH AND HEIGHT OF THE DICOM IMAGE.
                width = dataSet.uint16( 'x00280011' ), height = dataSet.uint16( 'x00280010' ),

                // GET THE PIXEL DATA ELEMENT FROM THE DATASET.
                pixelDataElement = dataSet.elements.x7fe00010;

            // NOW GET THE PIXEL DATA FROM THE DICOM FILE.
            var pixelData = [];

            pixelDataElement.basicOffsetTable.forEach( function(offset){ 
                pixelDataElement.fragments.forEach(function(fragment){
                    pixelData.push( new Uint8Array( dataSet.byteArray.buffer, offset, fragment.length ) );
                });
            });

            // NOW WE HAVE GOT WIDTH, HEIGHT AND PIXEL DATA WHICH IS ALL IT TAKES TO RENDER A IMAGE TO THE CANVAS.
            canvas.width = width;
            canvas.height = height;

            // GET CONTEXT
            var context = canvas.getContext( '2d' ),

            // GET IMAGE DATA TO UPDATE
                imageData = context.getImageData( 0, 0, width, height ),
                data = imageData.data;

            // UPDATING ALPHA
            for ( var i = 3, k = 0; i < data.byteLength; i = i + 4, k = k + 2 ) {

                // CONVERT 16-BIT TO 8-BIT ,BECAUSE WE CANNOT RENDER A 16-BIT VALUE TO THE CANVAS.
                var result = ((pixelData[0][ k + 1 ] & 0xFF) << 8) | (pixelData[0][ k ] & 0xFF);
                result = (result & 0xFFFF) >> 8;
                data[ i ] = 255 - result;
            }

            imageData[0] =  data[0];

            context.putImageData( imageData, 0, 0 );

            // SHOW THE CANVAS
            canvas.style.display = 'block';
        };
        fr.readAsArrayBuffer( this.files[ 0 ] );
    }
}
};

Может ли кто-нибудь сказать мне, где я ошибаюсь. Любая информация, даже общая, будет полезна.

Конечная цель — использовать эти кадры в качестве текстур для webGl и three.js для создания объемного рендеринга изображений dicom.


person James M    schedule 06.08.2016    source источник


Ответы (1)


Кадры изображений в вашем многокадровом файле, скорее всего, сжаты, а dicomParser не включает код распаковки. Взгляните на CornerstoneWADOImageLoader, чтобы узнать о кодеках и о том, как их использовать: https://github.com/chafey/cornerstoneWADOImageLoader

person Chris Hafey    schedule 09.08.2016
comment
Спасибо за рекомендацию этого загрузчика изображений, пока что он выглядит гораздо более надежным, чем dicomParser. Еще рано, но я надеюсь, что это будет работать с webGL/three.js - person James M; 13.08.2016
comment
Да, выглядит неплохо. Удалось создать стек изображений с относительно небольшими проблемами. Вы тоже были правы насчет сжатия изображения. - person James M; 16.08.2016