snakemake: есть ли способ указать выходной каталог для каждого правила?

Один из способов взлома - сначала cd в выходной каталог, то есть "cd $ (dirname {output [0]})". Он должен быть первым в ваших командах оболочки.

Сказав это, было бы лучше изменить сценарий, чтобы он принимал выходной каталог в качестве аргумента.

Андреас

Вот пример правила, которое я использую в одном из своих файлов-змей:

rule link_raw_data:
    output:
        OPJ(data_dir, "{lib}_{rep}.fastq.gz"),
    params:
        directory = data_dir,
        shell_command = lib2data,
    message:
        "Making link to raw data {output}."
    shell:
        """
        (
        cd {params.directory}
        {params.shell_command}
        )
        """

Это, вероятно, немного отличается от вашей ситуации, но, надеюсь, некоторые из методов могут помочь. В частности, обратите внимание на круглые скобки в разделе shell и использование раздела params для определения каталога вывода.

Я не уверен, что делаю это самым элегантным способом, но это работает.

data_dir - это параметр, считываемый из файла конфигурации.

lib2data - это функция, которая генерирует команды на основе значений некоторых подстановочных знаков. Конечно, я должен убедиться, что эти команды используют правильные пути к входным файлам (и, в этом случае, также и вывод, согласованный с тем, что говорится в разделе output). В вашем случае возможно, что у вас будут просто «жестко запрограммированные» команды оболочки, возможно, с использованием некоторых входных данных правила.

Более упрощенный пример

rule run_script1:
    input:
        path/to/initial/input
    output:
        script1_out/output1
    shell:
        """"
        cd script1_out
        script1 {input}
        """"

rule run_script2:
    input:
        script1/output1
    output:
        script2/output2
    shell:
        """
        cd script2_out
        script2 {input}
        """

Начиная с этих примеров, при необходимости вы можете использовать функции подстановочных знаков во вводе или выводе.

В документации snakemake:

"Все пути в файле snakefile интерпретируются относительно каталога, в котором выполняется snakemake. Это поведение можно изменить, указав рабочий каталог в файле snakefile:"

workdir: "path/to/workdir"

Так что просто поместите это в начало вашего файла змеи, и все входные и выходные данные будут интерпретироваться относительно этого пути.

Вы можете попробовать использовать файл конфигурации либо в YAML, либо в JSON. Затем используйте каталог в качестве параметра в расширении или при вводе / выводе ваших правил.

См. Документацию здесь