Как мне отформатировать ось Y, чтобы показать 2000 вместо 2 с меткой MyLabel (10 ^ 3)?

Задайте для свойства формата масштаба значение, скажем, "#" и Mag Property до нуля. Например:

 YAxis y = myPane.YAxis;
 y.Scale.Format = "#";
 y.Scale.Mag = 0;

Установите для свойства MagAuto значение false:

zedGraph.GraphPane.YAxis.Scale.MagAuto = false;

Обратите внимание, что нажатие на «Установить масштаб по умолчанию» в контекстном меню ZedGraph сбросит MagAuto на true. Это источник части обработчика событий контекстного меню:

public void ResetAutoScale( GraphPane pane, Graphics g )
{
    _scale._minAuto = true;
    _scale._maxAuto = true;
    _scale._majorStepAuto = true;
    _scale._minorStepAuto = true;
    _crossAuto = true;
    _scale._magAuto = true;
    //this.numDecAuto = true;
    _scale._formatAuto = true;
    pane.AxisChange( g );
}